De Eerste Fitna, een grote vroege islamitische burgeroorlog, leidde tot aanzienlijke veranderingen in het Egyptische bestuur.Gedurende deze periode benoemde kalief Ali Muhammad ibn Abi Bakr tot gouverneur van Egypte.Amr ibn al-As, die de Umayyaden steunde, versloeg echter Ibn Abi Bakr in 658 en regeerde Egypte tot aan zijn dood in 664. Onder de Umayyaden bleven pro-Umayyad-partizanen zoals Maslama ibn Mukhallad al-Ansari Egypte regeren tot de Tweede Fitna. .Tijdens dit conflict werd het door de Kharijieten gesteunde Zubayrid-regime opgericht, dat niet populair was onder de lokale Arabieren.Umayyad-kalief Marwan I viel Egypte binnen in 684, herstelde de controle van de Umayyad en benoemde zijn zoon, Abd al-Aziz, tot gouverneur, die twintig jaar lang effectief als onderkoning regeerde.^[82]Onder de Umayyaden voerden gouverneurs als Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi en Ayyub ibn Sharhabil, gekozen uit de lokale militaire elite (jund), beleid uit dat de druk op de Kopten verhoogde en de islamisering in gang zette.^[83] Dit leidde tot verschillende Koptische opstanden als gevolg van verhoogde belastingen, waarvan de meest opvallende in 725. Arabisch werd de officiële regeringstaal in 706, wat bijdroeg aan de vorming van Egyptisch Arabisch.De Umayyad-periode eindigde met verdere opstanden in 739 en 750.Tijdens de Abbasidische periode kreeg Egypte te maken met nieuwe belastingen en verdere Koptische opstanden.Het besluit van kalief al-Mu'tasim in 834 om de macht en de financiële controle te centraliseren leidde tot aanzienlijke veranderingen, waaronder de vervanging van lokale Arabische troepen door Turkse soldaten.In de 9e eeuw overtrof de moslimbevolking de Koptische christenen , waarbij de processen van arabisering en islamisering steeds intensiever werden.De "anarchie in Samarra" in het binnenland van de Abbasiden vergemakkelijkte de opkomst van revolutionaire Alid-bewegingen in Egypte.^[84]De Tulunid-periode begon in 868 toen Ahmad ibn Tulun werd aangesteld als gouverneur, wat een verschuiving markeerde in de richting van de politieke onafhankelijkheid van Egypte.Ondanks interne machtsstrijd vestigde Ibn Tulun een de facto onafhankelijke heerschappij, waarbij hij aanzienlijke rijkdom vergaarde en zijn invloed uitbreidde naar de Levant.Zijn opvolgers kregen echter te maken met interne conflicten en externe bedreigingen, wat leidde tot de herovering van Egypte door de Abbasiden in ^[905.]Post-Tulunid Egypte zag aanhoudende conflicten en de opkomst van invloedrijke figuren zoals de Turkse commandant Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Zijn dood in 946 leidde tot de vreedzame opvolging van zijn zoon Unujur en de daaropvolgende heerschappij van Kafur.De verovering van de Fatimiden in 969 maakte echter een einde aan deze periode en luidde een nieuw tijdperk in de Egyptische geschiedenis in.^[86]