Османы Портыг дэмжиж,мамлюкуудыг дарах зорилгоор Египетэд хийсэн Францын экспедицийг Наполеон Бонапарт удирдаж байжээ.Александри дахь Бонапартын тунхаглал нь Мамлюкуудад эдгээр чанарууд дутмаг байснаас ялгаатай нь Исламын шашинд тэгш байдал, гавьяа, хүндэтгэлийг онцолсон юм.Тэрээр бүх египетчүүдэд засаг захиргааны албан тушаалд нээлттэй байх боломжийг амлаж, Францчууд Исламыг баримталдаг болохыг харуулахын тулд папын эрх мэдлийг түлхэн унагаахыг санал болгов.^[102]Гэсэн хэдий ч Египетчүүд Францын хүсэлд эргэлзэж байв.Мурад Бей, Ибрахим Бей нарын цэргүүд ялагдсан Эмбабегийн тулалдаанд (Пирамидын тулаан) Францчууд ялалт байгуулсны дараа Каир хотод шейхүүд, мамлюкууд, Францын гишүүдээс бүрдсэн хотын зөвлөл байгуулагдаж, гол төлөв Францын зарлигуудыг хэрэгжүүлэх үүрэг гүйцэтгэжээ.^[102]Нил мөрний тулалдаанд тэдний флот ялагдаж, Дээд Египетэд бүтэлгүйтсэний дараа Францын ялагдашгүй байдал эргэлзээтэй байв.Байшингийн татвартай болсноор хурцадмал байдал хурцдаж, 1798 оны 10-р сард Каир хотод бослого гарч, Францын генерал Дупуй амь үрэгдсэн боловч Бонапарт, генерал Клебер нар бослогыг хурдан дарав.Францчууд Аль-Азхар лалын сүмийг жүчээ болгон ашигласан нь гүн доромжлолыг төрүүлэв.^[102]1799 онд Бонапартын Сирийн экспедиц Египет дэх Францын хяналтыг түр хугацаанд сулруулжээ.Тэрээр буцаж ирээд Мурад Бей, Ибрахим Бей нарын хамтарсан довтолгоог бут цохиж, хожим нь Туркийн армийг Абукирт бут цохив.Дараа нь Бонапарт Египетээс гарч, Клеберийг залгамжлагчаар томилов.^[102] Клебер эгзэгтэй нөхцөл байдалтай тулгарсан.Францыг нүүлгэн шилжүүлэх анхны хэлэлцээрийг Британичууд хаасны дараа Каир үймээн самууныг туулж, Клебер түүнийг дарав.Тэрээр Мурад Бейтэй хэлэлцээ хийж, түүнд Дээд Египетийн хяналтыг олгосон боловч Клебер 1800 оны 6-р сард алагдсан ^[102.]Генерал Жак-Франсуа Мену Клеберийг залгамжилж, лалын шашинтнуудын таалалд хүрэхийг оролдсон боловч Францын протекторатыг зарласнаар Египетчүүдийг холдуулсан.1801 онд Англи, Туркийн цэргүүд Абу Кирд газардсан нь Францын ялагдалд хүргэв.Генерал Беллиард 5-р сард Каирыг бууж өгсөн бол Мену 8-р сард Александрид бууж өгснөөр Францын эзлэн түрэмгийлэл дуусгавар болжээ.^[102] Францын эзлэн түрэмгийллийн мөнхөд үлдээсэн өв нь Египет судлалын салбарт ихээхэн хувь нэмэр оруулсан Францын эрдэмтдийн Египетийн тухай нарийвчилсан судалгаа болох "Египетийн тодорхойлолт" байв.^[102]