16-р зууны эхэн үед 1517 онд Османчууд Египетийг эзлэн авсны дараа Султан I Селим Юнус Пашаг Египетийн захирагчаар томилсон боловч удалгүй авлигын асуудлаас болж түүнийг Хайрр Бейгээр сольжээ.^[97] Энэ үе нь Османы төлөөлөгчид болон чухал нөлөөгөө хадгалсанмамлюкуудын хооронд эрх мэдлийн төлөөх тэмцэл байв.Мамлюкууд засаг захиргааны бүтцэд нэгдсэн бөгөөд Египетийн 12 санжакт гол байр суурийг эзэлдэг байв.Гайхамшигт Султан Сулейманы удирдлага дор арми болон шашны эрх мэдэлтнүүдийн төлөөлөл бүхий пашад туслах зорилгоор Их диван, Бага диван байгуулжээ.Селим Египетийг хамгаалахын тулд зургаан дэглэм байгуулж, Сулейман долоо дахь дэглэмээ нэмэв.^[98]Османы засаг захиргаа жил бүр Египетийн амбан захирагчийг байнга сольж байсан.Нэг амбан захирагч Хайн Ахмед Паша тусгаар тогтнолоо тогтоохыг оролдсон боловч саад болж, цаазлагдсан.^[98] 1527 онд Египетэд газрын судалгаа явуулж, султаны эзэмшил, фиф, цэргийн арчилгааны газар, шашны сангийн газар гэж дөрвөн төрөлд ангилсан байна.Энэхүү судалгааг 1605 онд хэрэгжүүлсэн ^[98] .17-р зуунд Египетэд цэргийн үймээн самуун, мөргөлдөөн гарч байсан бөгөөд энэ нь ихэвчлэн цэргүүдийн дээрэмдэхийг зогсоох оролдлогоос үүдэлтэй байв.1609 онд томоохон мөргөлдөөн нь Кара Мехмед Пашаг Каир руу ялалт байгуулж, санхүүгийн шинэчлэл хийхэд хүргэсэн.^[98] Энэ үед орон нутгийн мамлюк бэйс Египетийн засаг захиргаанд ноёрхож, ихэвчлэн цэргийн албан тушаал хашиж, Османаас томилогдсон захирагч нарыг эсэргүүцэж байв.^[99] Орон нутгийн хүчтэй харилцаатай Египетийн арми амбан захирагчдыг томилоход байнга нөлөөлж, засаг захиргаанд ихээхэн хяналт тавьдаг байв.^[100]Энэ зуунд мөн Египетэд нөлөө бүхий хоёр бүлэглэл бий болсон: Османы морин цэрэгтэй холбоотой Факари, Египетийн уугуул цэргүүдтэй холбоотой Касими.Өвөрмөц өнгө, бэлгэдлээрээ бэлгэдсэн эдгээр фракцууд нь Османы Египетийн засаглал, улс төрд ихээхэн нөлөөлсөн.^[101]