អាណត្តិប្រធានាធិបតី Pervez Musharraf ពីឆ្នាំ 1999 ដល់ឆ្នាំ 2007 គឺជាលើកទីមួយហើយដែលកងកម្លាំងសេរីនិយមកាន់អំណាចដ៏សំខាន់នៅក្នុងប្រទេសប៉ាគីស្ថាន។គំនិតផ្តួចផ្តើមសម្រាប់សេរីភាវូបនីយកម្មសេដ្ឋកិច្ច ការធ្វើឯកជនភាវូបនីយកម្ម និងសេរីភាពប្រព័ន្ធផ្សព្វផ្សាយត្រូវបានណែនាំ ដោយនាយកប្រតិបត្តិ Citibank លោក Shaukat Aziz បានគ្រប់គ្រងសេដ្ឋកិច្ច។រដ្ឋាភិបាល​របស់​លោក Musharraf បាន​ផ្តល់​ការ​លើក​លែង​ទោស​ដល់​អ្នក​ធ្វើ​ការ​នយោបាយ​ពី​គណបក្ស​សេរី​និយម ដោយ​បាន​ធ្វើ​ការ​នៅ​ខាង​អ្នក​អភិរក្ស និង​ឆ្វេងនិយម។Musharraf បានពង្រីកប្រព័ន្ធផ្សព្វផ្សាយឯកជនយ៉ាងសំខាន់ ក្នុងគោលបំណងប្រឆាំងនឹងឥទ្ធិពលវប្បធម៌របស់ឥណ្ឌា។តុលាការកំពូលបានបញ្ជាឱ្យមានការបោះឆ្នោតទូទៅនៅខែតុលាឆ្នាំ 2002 ហើយលោក Musharraf បានគាំទ្រការលុកលុយ របស់អាមេរិក លើ អាហ្វហ្គានីស្ថាន ក្នុងឆ្នាំ 2001។ ភាពតានតឹងជាមួយឥណ្ឌាលើតំបន់ Kashmir បាននាំឱ្យមានការប្រឈមមុខដាក់គ្នាផ្នែកយោធាក្នុងឆ្នាំ 2002 ។ការបោះឆ្នោតប្រជាមតិឆ្នាំ 2002 របស់ Musharraf ដែលចាត់ទុកថាមានភាពចម្រូងចម្រាស បានបន្តអាណត្តិប្រធានាធិបតីរបស់គាត់។ការបោះឆ្នោតសកលឆ្នាំ 2002 បានឃើញក្រុមសេរីនិយម និងពួកកណ្តាលនិយមឈ្នះសំឡេងភាគច្រើន ដោយបង្កើតរដ្ឋាភិបាលមួយដោយមានការគាំទ្រពីលោក Musharraf ។វិសោធនកម្មលើកទី 17 នៃរដ្ឋធម្មនុញ្ញរបស់ប្រទេសប៉ាគីស្ថានបានធ្វើឱ្យមានភាពស្របច្បាប់ឡើងវិញនូវសកម្មភាពរបស់ Musharraf និងបន្តអាណត្តិប្រធានាធិបតីរបស់គាត់។Shaukat Aziz បានក្លាយជានាយករដ្ឋមន្ត្រីក្នុងឆ្នាំ 2004 ដោយផ្តោតលើកំណើនសេដ្ឋកិច្ច ប៉ុន្តែត្រូវប្រឈមមុខនឹងការប្រឆាំងចំពោះកំណែទម្រង់សង្គម។Musharraf និង Aziz បានរួចរស់ជីវិតពីការប៉ុនប៉ងធ្វើឃាតជាច្រើនដែលមានទំនាក់ទំនងជាមួយក្រុមអាល់កៃដា។ជា​អន្តរជាតិ ការ​ចោទ​ប្រកាន់​ពី​ការ​រីកសាយ​អាវុធ​នុយក្លេអ៊ែរ​បាន​ធ្វើ​ឲ្យ​ភាព​ជឿជាក់​របស់​ពួក​គេ​ធ្លាក់​ចុះ។បញ្ហាប្រឈមក្នុងស្រុករួមមានជម្លោះនៅក្នុងតំបន់កុលសម្ព័ន្ធ និងបទឈប់បាញ់ជាមួយពួកតាលីបង់ក្នុងឆ្នាំ 2006 ទោះបីជាអំពើហិង្សានិកាយនៅតែបន្តកើតមានក៏ដោយ។