La guerra civile tra le dinastie Lê-Trịnh e Mạc terminò nel 1592, quando l'esercito di Trịnh Tùng conquistò Hanoi e giustiziò il re Mạc Mậu Hợp.I sopravvissuti della famiglia reale Mạc fuggirono sulle montagne settentrionali della provincia di Cao Bằng e continuarono a governarvi fino al 1677, quando Trịnh Tạc conquistò quest'ultimo territorio Mạc.I monarchi Lê, sin dalla restaurazione di Nguyễn Kim, agirono solo come prestanome.Dopo la caduta della dinastia Mạc, tutto il potere reale nel nord apparteneva ai signori Trịnh.Nel frattempo, la corte Ming decise con riluttanza un intervento militare nella guerra civile vietnamita, ma Mạc Đăng Dung offrì una sottomissione rituale all'Impero Ming , che fu accettata.Nell'anno 1600, anche Nguyễn Hoàng si dichiarò Signore (ufficialmente "Vương") e si rifiutò di inviare più denaro o soldati per aiutare i Trịnh.Spostò anche la sua capitale a Phú Xuân, l'odierna Huế.Trịnh Tráng succedette a Trịnh Tùng, suo padre, alla sua morte nel 1623. Tráng ordinò a Nguyễn Phúc Nguyên di sottomettersi alla sua autorità.L'ordine è stato rifiutato due volte.Nel 1627, Trịnh Tráng inviò 150.000 truppe verso sud in una campagna militare senza successo.I Trịnh erano molto più forti, con una popolazione, un'economia e un esercito più grandi, ma non furono in grado di sconfiggere gli Nguyễn, che avevano costruito due muri difensivi in ​​pietra e investito nell'artiglieria portoghese.La guerra Trịnh-Nguyễn durò dal 1627 al 1672. L'esercito di Trịnh organizzò almeno sette offensive, tutte fallite nel catturare Phú Xuân.Per un certo periodo, a partire dal 1651, gli stessi Nguyễn passarono all'offensiva e attaccarono parti del territorio di Trịnh.Tuttavia, i Trịnh, sotto un nuovo leader, Trịnh Tạc, costrinsero gli Nguyễn a ritirarsi nel 1655. Dopo un'ultima offensiva nel 1672, Trịnh Tạc accettò una tregua con il signore Nguyễn Nguyễn Phúc Tần.Il paese era effettivamente diviso in due.La guerra Trịnh-Nguyễn diede ai commercianti europei l'opportunità di supportare ciascuna parte con armi e tecnologia: i portoghesi aiutarono gli Nguyễn nel sud mentre gli olandesi aiutarono i Trịnh nel nord.I Trịnh e gli Nguyễn mantennero una relativa pace per i successivi cento anni, durante i quali entrambe le parti ottennero risultati significativi.Il Trịnh creò uffici governativi centralizzati responsabili del bilancio statale e della produzione di valuta, unificò le unità di peso in un sistema decimale, istituì tipografie per ridurre la necessità di importare materiale stampato dalla Cina, aprì un'accademia militare e compilò libri di storia.Nel frattempo, i signori Nguyễn continuarono l'espansione verso sud con la conquista della restante terra Cham.I coloni Việt arrivarono anche nell'area scarsamente popolata conosciuta come "Water Chenla", che era la parte inferiore del delta del Mekong dell'ex impero Khmer .Tra la metà del XVII secolo e la metà del XVIII secolo, quando l'ex impero Khmer fu indebolito dai conflitti interni e dalle invasioni siamesi , i signori Nguyễn usarono vari mezzi, matrimonio politico, pressioni diplomatiche, favori politici e militari, per conquistare l'area intorno all'attuale -giorno Saigon e il delta del Mekong.L'esercito Nguyễn a volte si scontrò anche con l'esercito siamese per stabilire l'influenza sull'ex impero Khmer.