Uno studio sulla genetica asiatica suggerisce che gli esseri umani originari dell'Asia orientale provenissero dal sud-est asiatico.^[14] I gruppi indigeni della penisola possono essere divisi in tre etnie: i Negritos, i Senoi e i proto-malesi.^[15] I primi abitanti della penisola malese furono molto probabilmente i Negritos.^[16] Questi cacciatori mesolitici erano probabilmente gli antenati dei Semang, un gruppo etnico Negrito.^[17] I Senoi sembrano essere un gruppo composito, con circa la metà dei lignaggi del DNA mitocondriale materno che risalgono agli antenati dei Semang e circa la metà a successive migrazioni ancestrali dall'Indocina.Gli studiosi suggeriscono che siano discendenti dei primi agricoltori di lingua austroasiatica, che portarono sia la loro lingua che la loro tecnologia nella parte meridionale della penisola circa 4.000 anni fa.Si unirono e si coalizzarono con la popolazione indigena.^[18] I proto malesi hanno origini più diverse ^[19] e si stabilirono in Malesia intorno al 1000 a.C. a seguito dell'espansione austronesiana.^[20] Sebbene mostrino alcuni collegamenti con altri abitanti del sud-est asiatico marittimo, alcuni hanno anche un'ascendenza in Indocina intorno al periodo dell'ultimo massimo glaciale circa 20.000 anni fa.Le aree che comprendono quella che oggi è la Malesia hanno partecipato alla Maritime Jade Road.La rete commerciale esisteva da 3.000 anni, tra il 2000 a.C. e il 1000 d.C.^[21]Gli antropologi sostengono l'idea che i proto-malesi provenissero da quello che oggi è lo Yunnan,in Cina .^[22] Ciò fu seguito da una dispersione del primo Olocene attraverso la penisola malese nell'arcipelago malese.^[23] Intorno al 300 a.C., furono spinti verso l'interno dai Deutero-malesi, un popolo dell'età del ferro o dell'età del bronzo discendente in parte dai Cham della Cambogia e del Vietnam .Primo gruppo nella penisola a utilizzare strumenti di metallo, i deutero-malesi furono gli antenati diretti degli odierni malesi malesi e portarono con sé tecniche agricole avanzate.^[17] I malesi rimasero politicamente frammentati in tutto l'arcipelago malese, sebbene fossero condivise una cultura e una struttura sociale comuni.^[24]