La Prima Fitna, una delle prime grandi guerre civili islamiche, portò a cambiamenti significativi nel governo dell'Egitto.Durante questo periodo, il califfo Ali nominò Muhammad ibn Abi Bakr governatore dell'Egitto.Tuttavia, Amr ibn al-As, sostenendo gli Omayyadi , sconfisse Ibn Abi Bakr nel 658 e governò l'Egitto fino alla sua morte nel 664. Sotto gli Omayyadi, partigiani filo-omayyadi come Maslama ibn Mukhallad al-Ansari continuarono a governare l'Egitto fino alla Seconda Fitna .Durante questo conflitto, fu istituito il regime Zubayrid, sostenuto dai Kharijiti, impopolare tra gli arabi locali.Il califfo omayyade Marwan I invase l'Egitto nel 684, ripristinando il controllo omayyade e nominando governatore suo figlio, Abd al-Aziz, che governò effettivamente come viceré per 20 anni.^[82]Sotto gli Omayyadi, governatori come Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi e Ayyub ibn Sharhabil, scelti dall'élite militare locale (jund), attuarono politiche che aumentarono la pressione sui copti e avviarono l'islamizzazione.^[83] Ciò portò a diverse rivolte copte dovute all'aumento della tassazione, la più notevole delle quali avvenne nel 725. L'arabo divenne la lingua ufficiale del governo nel 706, contribuendo alla formazione dell'arabo egiziano.Il periodo omayyade si concluse con ulteriori rivolte nel 739 e nel 750.Durante il periodo abbaside , l'Egitto conobbe nuove tasse e ulteriori rivolte copte.La decisione del califfo al-Mu'tasim nell'834 di centralizzare il potere e il controllo finanziario portò a cambiamenti significativi, inclusa la sostituzione delle truppe arabe locali con soldati turchi.Il IX secolo vide la popolazione musulmana superare quella cristiana copta , con l'intensificarsi dei processi di arabizzazione e islamizzazione.L '"anarchia a Samarra" nel cuore degli Abbasidi ha facilitato l'ascesa dei movimenti rivoluzionari Alidi in Egitto.^[84]Il periodo Tulunide iniziò nell'868 quando Ahmad ibn Tulun fu nominato governatore, segnando uno spostamento verso l'indipendenza politica dell'Egitto.Nonostante le lotte di potere interne, Ibn Tulun stabilì un governo de facto indipendente, accumulando ricchezze significative ed estendendo l'influenza nel Levante.I suoi successori, tuttavia, dovettero affrontare conflitti interni e minacce esterne, che portarono alla riconquista abbaside dell'Egitto nel ^[905.]L'Egitto post-Tulunide vide continui conflitti e l'ascesa di figure influenti come il comandante turco Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.La sua morte nel 946 portò alla successione pacifica di suo figlio Unujur e al successivo governo di Kafur.Tuttavia, la conquista fatimide del 969 pose fine a questo periodo, inaugurando una nuova era della storia egiziana.^[86]