Pecahnya perang di Pasifik pada bulan Desember 1941 membuat Inggris di Malaya sama sekali tidak siap.Selama tahun 1930an, untuk mengantisipasi meningkatnya ancaman kekuatan angkatan laut Jepang, mereka telah membangun pangkalan angkatan laut yang besar di Singapura , namun tidak pernah mengantisipasi invasi Malaya dari utara.Sebenarnya tidak ada kapasitas udara Inggris di Timur Jauh.Dengan demikian,Jepang dapat menyerang dari pangkalan mereka di Indo-Tiongkok Prancis tanpa mendapat hukuman, dan meskipun ada perlawanan dari pasukan Inggris, Australia, danIndia , mereka berhasil menguasai Malaya dalam waktu dua bulan.Singapura, tanpa pertahanan darat, tanpa perlindungan udara, dan tanpa pasokan air, terpaksa menyerah pada bulan Februari 1942. Kalimantan Utara Britania dan Brunei juga diduduki.Pemerintah kolonial Jepang memandang orang Melayu dari sudut pandang pan-Asia, dan memupuk nasionalisme Melayu dalam bentuk terbatas.Nasionalis Melayu Kesatuan Melayu Muda, pendukung Melayu Raya, berkolaborasi dengan Jepang, berdasarkan pemahaman bahwa Jepang akan menyatukan Hindia Belanda, Malaya, dan Kalimantan serta memberi mereka kemerdekaan.^[80] Akan tetapi, para penjajah menganggaporang Tionghoa sebagai musuh asing, dan memperlakukan mereka dengan sangat keras: selama apa yang disebut sook ching (pemurnian melalui penderitaan), hingga 80.000 orang Tionghoa di Malaya dan Singapura terbunuh.Kelompok Tionghoa yang dipimpin oleh Partai Komunis Malaya (MCP) menjadi tulang punggung Tentara Anti-Jepang Rakyat Malaya (MPAJA).Dengan bantuan Inggris, MPAJA menjadi kekuatan perlawanan paling efektif di negara-negara Asia yang diduduki.Meskipun Jepang berpendapat bahwa mereka mendukung nasionalisme Melayu, mereka menyinggung nasionalisme Melayu dengan mengizinkan sekutu mereka, Thailand , untuk mencaplok kembali empat negara bagian di utara, Kedah, Perlis, Kelantan, dan Terengganu yang telah dipindahkan ke Malaya Britania pada tahun 1909. Hilangnya wilayah Malaya pasar ekspor segera menimbulkan pengangguran massal yang mempengaruhi semua ras dan membuat orang Jepang semakin tidak populer.^[81]