David Marshall lett Szingapúr első főminisztere, aki egy instabil kormányt vezetett, amely társadalmi nyugtalanságokkal néz szembe, amit például a Hock Lee-i buszlázadások példáznak.1956-ban tárgyalásokat vezetett Londonban a teljes önuralom érdekében, de a tárgyalások a brit biztonsági aggályok miatt kudarcot vallottak, ami a lemondásához vezetett.Utóda, Lim Yew Hock kemény álláspontot foglalt el a kommunista és baloldali csoportokkal szemben, és megnyitotta az utat a britek előtt, hogy 1958-ban Szingapúr teljes belső kormányzását biztosítsák.Az 1959-es választásokon a Lee Kuan Yew vezette Népi Akciópárt (PAP) győzött, és Lee lett Szingapúr első miniszterelnöke.Kormánya kezdetben szkepticizmussal szembesült a párt kommunista párti frakciója miatt, ami az üzletek Kuala Lumpurba való áthelyezéséhez vezetett.Lee vezetése alatt azonban Szingapúr gazdasági növekedést, oktatási reformokat és agresszív állami lakásprogramot látott.A kormány intézkedéseket is hozott a munkásság zavargásának megfékezésére és az angol nyelv népszerűsítésére.Ezen eredmények ellenére a PAP vezetői úgy vélték, Szingapúr jövője a Malayával való egyesülésben rejlik.Az ötlet tele volt kihívásokkal, különösen a PAP-on belüli prokommunisták ellenállásával és a maláj Egyesült Maláj Nemzeti Szervezet aggodalmaival a faji hatalmi egyensúly miatt.A szingapúri kommunista hatalomátvétel kilátásai azonban az összeolvadás javára változtatta a hangulatot.1961-ben Malaya miniszterelnöke, Tunku Abdul Rahman Malajzia Föderációját javasolta, amelybe beletartozna Malaya, Szingapúr, Brunei, Észak-Borneó és Sarawak.Az ezt követő 1962-es szingapúri népszavazás erős támogatást mutatott az egyesülés mellett, meghatározott autonómia feltételek mellett.