1958-ban a pakisztáni parlamenti rendszer a hadiállapot bevezetésével véget ért.A polgári bürokráciában és közigazgatásban tapasztalható korrupcióból való kiábrándultság Ayub Khan tábornok akcióinak támogatásához vezetett.^[16] A katonai kormány jelentős földreformokat hajtott végre, és végrehajtotta a választott testületek eltiltási rendeletét, amivel megtiltotta HS Suhrawardyt a közhivatalból.Khan bevezette az "alapdemokráciát", egy új elnöki rendszert, amelyben egy 80 000 fős választói kollégium választotta ki az elnököt, és kihirdette az 1962-es alkotmányt.^[17] 1960-ban Ayub Khan elnyerte a lakosság támogatását egy országos népszavazáson, és katonai hivatalból alkotmányos polgári kormányzattá vált.^[16]Ayub Khan elnöksége alatt jelentős fejlemények között szerepelt a főváros infrastruktúrájának áthelyezése Karacsiból Iszlámábádba.Ezt a „Nagy Évtized” néven ismert korszakot a gazdasági fejlődés és a kulturális változások ^[18] miatt ünneplik, beleértve a popzene, a film és a drámaipar felemelkedését.Ayub Khan Pakisztánt az Egyesült Államokhoz és a nyugati világhoz igazította, csatlakozva a Központi Szerződés Szervezetéhez (CENTO) és a Délkelet-ázsiai Szerződés Szervezetéhez (SEATO).A magánszektor nőtt, és az ország előrelépéseket tett az oktatás, a humánfejlesztés és a tudomány terén, beleértve az űrprogram elindítását és az atomenergia-program folytatását.^[18]Az 1960-as U2 kémrepülőgép-incidens azonban felfedte a Pakisztánból érkező titkos amerikai műveleteket, veszélyeztetve a nemzetbiztonságot.Ugyanebben az évben Pakisztán aláírta az Induszvizekről szóló szerződést Indiával a kapcsolatok normalizálása érdekében.^[19] A Kínával fennálló kapcsolatok megerősödtek, különösen a kínai-indiai háború után, ami 1963-ban határmegállapodáshoz vezetett, amely megváltoztatta a hidegháborús dinamikát.1964-ben a pakisztáni fegyveres erők leverték a feltételezett kommunista lázadást Nyugat-Pakisztánban, és 1965-ben Ayub Khan kis híján megnyerte a vitatott elnökválasztást Fatima Jinnah ellen.