A görögök 1460-ig tartották magukat a Peloponnészoszban, a velenceiek és a genovaiak pedig ragaszkodtak néhány szigethez, de a 16. század elejére Görögország egész szárazföldi részét és az égei-tengeri szigetek nagy részét az Oszmán Birodalom gyarmatosította, néhány kikötőváros kivételével. a velenceiek (Nafplio, Monemvasia, Parga és Methone a legfontosabbak közülük).Az Égei-tenger közepén fekvő Kikládok-szigeteket hivatalosan 1579-ben csatolták be az oszmánok, bár az 1530-as évektől vazallusi státuszban voltak.Ciprus 1571-ben elesett, a velenceiek pedig 1669-ig megtartották Krétát. A Jón-szigeteket soha nem uralták az oszmánok, kivéve Kefalóniát (1479-től 1481-ig és 1485-től 1500-ig), és a Velencei Köztársaság uralma alatt maradt. .A Jón-szigeteken született meg a modern görög államiság, a Hétsziget Köztársaság 1800-as létrehozásával.Az oszmán Görögország többnemzetiségű társadalom volt.A modern nyugati multikulturalizmus fogalma azonban, bár első pillantásra a köles rendszerének tűnik, összeegyeztethetetlen az oszmán rendszerrel.A görögök egyrészt bizonyos kiváltságokat és szabadságot kaptak;a másikkal az adminisztratív személyzet visszásságaiból fakadó zsarnokságnak voltak kitéve, amely felett a központi kormányzat csak távoli és hiányos ellenőrzést gyakorolt.Amikor az oszmánok megérkeztek, két görög vándorlás történt.Az első migráció a görög értelmiség Nyugat-Európába vándorlásával járt, és befolyásolta a reneszánsz megjelenését.A második vándorlás során a görögök elhagyták a Görög-félsziget síkságait, és újra letelepedtek a hegyekben.A kölesrendszer hozzájárult az ortodox görögök etnikai kohéziójához az Oszmán Birodalom különböző népeinek vallási alapú elkülönítésével.Az oszmán uralom alatt a síkságon élő görögök vagy keresztények voltak, akik az idegen uralom terheit viselték, vagy kripto-keresztények (a görög muszlimok, akik a görög ortodox hit titkos gyakorlói voltak).Egyes görögök azért lettek kripto-keresztények, hogy elkerüljék a súlyos adókat, és egyúttal kifejezzék identitásukat a görög ortodox egyházhoz fűződő kapcsolatuk megőrzésével.Az iszlámra áttért és nem kripto-keresztény görögök azonban az ortodox görögök szemében "törököknek" (muszlimoknak) számítottak, még akkor is, ha nem vették fel a török ​​nyelvet.Az oszmánok uralták Görögország nagy részét egészen a 19. század elejéig.Az első önálló, a középkor óta működő hellén állam a francia függetlenségi háborúk idején, 1800-ban jött létre, 21 évvel a görög forradalom kitörése előtt Görögország szárazföldi részén.Ez a Szeptinsziget Köztársaság volt, Korfu fővárosával.