Amikor Histiaeus meghallotta Milétosz bukását, úgy tűnik, magát nevezte ki a Perzsia elleni ellenállás vezetőjévé.Bizáncból indulva leszbikus csapatával kihajózott Khioszba.A chianok nem voltak hajlandók fogadni, ezért megtámadta és elpusztította a Chian flotta maradványait.A két tengeren elszenvedett vereségtől megnyomorítva a chiaiak engedtek Histiaeus vezetésének.Histiaeus most nagy csapatot gyűjtött össze jónokból és eolokból, és elment Thászosz ostromára.Ekkor azonban megkapta a hírt, hogy a perzsa flotta Milétoszból indul, hogy megtámadja Iónia többi részét, így gyorsan visszatért Leszboszra.A hadsereg élelmezése érdekében táplálékkereső expedíciókat vezetett a szárazföldre Atarneus és Myus közelében.Egy nagy perzsa haderő Harpagus alatt tartózkodott a területen, és végül elfogtak egy táplálékkereső expedíciót Malene közelében.Az ezt követő csata kemény volt, de egy sikeres perzsa lovassági roham vetett véget a görög vonalnak.Histiaeus maga is megadta magát a perzsáknak, azt gondolva, hogy képes lesz rábeszélni magát Dareiosz bocsánatára.Ehelyett azonban Artapherneshez vitték, aki teljesen tudatában volt Histiaeus múltbeli árulásainak, felkarcolta, majd bebalzsamozott fejét Dariusnak küldte.A perzsa flotta és hadsereg áttelelt Milétoszban, mielőtt i.e. 493-ban útnak indult, hogy végre elverje a lázadás utolsó parazsát.Megtámadták és elfoglalták Khiosz, Leszbosz és Tenedos szigeteit.Mindegyiken egy „emberhálót” készítettek csapatokból, és végigsöpörtek az egész szigeten, hogy kiűzzék a rejtőzködő lázadókat.Ezután átmentek a szárazföldre, és elfoglalták Ionia összes megmaradt városát, hasonlóképpen felkutatva a megmaradt lázadókat.Bár Ionia városait kétségtelenül megboronálta az utóhatás, úgy tűnik, egyik sem jutott Milétosz sorsára.Hérodotosz azt mondja, hogy a perzsák minden városból kiválasztották a legszebb fiúkat és kasztrálták őket, a legszebb lányokat pedig a király háremébe küldték, majd felgyújtották a városok templomait.Bár ez valószínűleg igaz, Hérodotosz valószínűleg eltúlozza a pusztítás mértékét. Néhány év alatt a városok többé-kevésbé normalizálódtak, és hatalmas flottát tudtak felszerelni Görögország második perzsa inváziójára, mindössze 13 főt. évekkel később.A perzsa hadsereg ezután újra meghódította a Propontis ázsiai oldalán lévő településeket, míg a perzsa flotta felhajózott a Hellespont európai partjain, sorra véve az egyes településeket.Mivel egész Kis-Ázsia szilárdan visszatért a perzsa uralom alá, a lázadásnak végre vége szakadt.