Izbijanje rata na Pacifiku u prosincu 1941. zateklo je Britance u Malaji potpuno nespremne.Tijekom 1930-ih, predviđajući sve veću prijetnju japanske pomorske moći, izgradili su veliku pomorsku bazu u Singapuru , ali nikada nisu predvidjeli invaziju Malaje sa sjevera.Praktično nije bilo britanskih zračnih kapaciteta na Dalekom istoku.Japanci su tako mogli nekažnjeno napadati iz svojih baza u Francuskoj Indokini, i unatoč otporu britanskih, australskih iindijskih snaga, osvojili su Malaju u dva mjeseca.Singapur, bez kopnene obrane, bez zračne zaštite i bez opskrbe vodom, bio je prisiljen predati se u veljači 1942. Britanski Sjeverni Borneo i Brunei također su bili okupirani.Japanska kolonijalna vlada gledala je na Malajce s pan-azijskog gledišta i njegovala je ograničeni oblik malajskog nacionalizma.Malajski nacionalist Kesatuan Melayu Muda, zagovornik Melayu Raya, surađivao je s Japancima, na temelju shvaćanja da će Japan ujediniti Nizozemsku Istočnu Indiju, Malaju i Borneo i dati im neovisnost.^[80] Okupatori suKineze , međutim, smatrali neprijateljskim tuđincima, i postupali su s njima vrlo oštro: tijekom takozvanog sook chinga (pročišćenja kroz patnju), do 80 000 Kineza u Malaji i Singapuru je ubijeno.Kinezi, predvođeni Malajskom komunističkom partijom (MCP), postali su okosnica Malajske narodne antijapanske vojske (MPAJA).Uz britansku pomoć, MPAJA je postala najučinkovitija snaga otpora u okupiranim azijskim zemljama.Iako su Japanci tvrdili da podržavaju malajski nacionalizam, uvrijedili su malajski nacionalizam dopustivši svom savezniku Tajlandu da ponovno pripoji četiri sjeverne države, Kedah, Perlis, Kelantan i Terengganu, koje su 1909. prebačene u Britansku Malaju. Gubitak Malajske države izvozna tržišta ubrzo su proizvela masovnu nezaposlenost koja je zahvatila sve rase i učinila Japance sve nepopularnijima.^[81]