Prva Fitna, veliki rani islamski građanski rat, doveo je do značajnih promjena u upravljanju Egiptom.U tom periodu, kalif Ali je imenovao Muhammeda ibn Ebi Bakra za guvernera Egipta.Međutim, Amr ibn al-As, podržavajući Umayyade , porazio je Ibn Ebi Bakra 658. i vladao Egiptom do njegove smrti 664. Pod Umayyadima, pro-Umayyadski pristaše poput Maslame ibn Mukhallada al-Ansarija nastavili su vladati Egiptom sve do Druge Fitne .Tijekom ovog sukoba uspostavljen je Zubejridski režim koji su podržavali haridžiti, nepopularan među lokalnim Arapima.Umayyadski kalif Marwan I. napao je Egipat 684., ponovno uspostavivši umayyadsku kontrolu i postavivši svog sina, Abd al-Aziza, za guvernera, koji je efektivno vladao kao potkralj 20 godina.^[82]Pod Umayyadima, namjesnici poput Abd al-Malika ibn Rifa'a al-Fahmija i Ayyuba ibn Sharhabila, izabrani iz lokalne vojne elite (jund), provodili su politiku koja je povećavala pritisak na Kopte i inicirala islamizaciju.^[83] To je dovelo do nekoliko koptskih pobuna zbog povećanog oporezivanja, a najistaknutija je bila 725. godine. Arapski je postao službeni vladin jezik 706. godine, što je doprinijelo formiranju egipatskog arapskog.Umajadsko razdoblje završilo je daljnjim pobunama 739. i 750. godine.Tijekom abasidskog razdoblja Egipat je doživio nove poreze i daljnje koptske pobune.Odluka kalifa al-Mu'tasima iz 834. da centralizira vlast i financijski nadzor dovela je do značajnih promjena, uključujući zamjenu lokalnih arapskih trupa turskim vojnicima.U 9. stoljeću muslimansko stanovništvo nadmašuje koptske kršćane , uz intenziviranje procesa arabizacije i islamizacije."Anarhija u Samari" u središtu Abasida olakšala je uspon Alidskih revolucionarnih pokreta u Egiptu.^[84]Tulunidsko razdoblje počelo je 868. godine kada je Ahmad ibn Tulun postavljen za guvernera, što je označilo pomak prema političkoj neovisnosti Egipta.Unatoč unutarnjim borbama za moć, Ibn Tulun je uspostavio de facto neovisnu vladavinu, akumulirajući značajno bogatstvo i šireći utjecaj na Levant.Njegovi nasljednici, međutim, suočili su se s unutarnjim sukobima i vanjskim prijetnjama, što je dovelo do ponovnog abasidskog osvajanja Egipta 905. ^{[85 .]}Egipat nakon Tulunida vidio je kontinuirane sukobe i uspon utjecajnih ličnosti poput turskog zapovjednika Muhammada ibn Tughj al-Ikhshida.Njegova smrt 946. dovela je do mirnog nasljeđivanja njegovog sina Unujura i kasnije vladavine Kafurom.Međutim, Fatimidsko osvajanje 969. godine završilo je ovo razdoblje, uvodeći novu eru egipatske povijesti.^[86]