בשנת 1988, הדמוקרטיה הוקמה מחדש בפקיסטן עם בחירות כלליות לאחר מותו של הנשיא זיא-אל-חק.בחירות אלו הובילו לחזרתה של מפלגת העמים של פקיסטן (PPP) לשלטון, כאשר בנזיר בוטו הפכה לראש הממשלה הראשונה של פקיסטן ולראש הממשלה הראשונה במדינה בעלת רוב מוסלמי.תקופה זו, שנמשכה עד 1999, התאפיינה בשיטה תחרותית של שתי מפלגות, עם השמרנים המרכז-ימין בראשות נוואז שריף והמרכז-שמאל הסוציאליסטים תחת בנזיר בוטו.במהלך כהונתה, ניהלה בוטו את פקיסטן בשלבים האחרונים של המלחמה הקרה , תוך שמירה על מדיניות פרו-מערבית בשל חוסר אמון משותף בקומוניזם.ממשלתה הייתה עדה לנסיגת הכוחות הסובייטים מאפגניסטן .עם זאת, גילוי פרויקט פצצת האטום של פקיסטן הוביל ליחסים מתוחים עם ארצות הברית ולהטלת סנקציות כלכליות.ממשלתו של בוטו התמודדה עם אתגרים גם באפגניסטן, עם התערבות צבאית כושלת שהובילה לפיטורי מנהלי שירותי המודיעין.למרות המאמצים להחיות את הכלכלה, כולל תוכנית החומש השביעית, פקיסטן חוותה סטגפלציה, וממשלתו של בוטו הודחה בסופו של דבר על ידי הנשיא השמרני גולאם איסק חאן.