במהלך מלחמת העולם השנייה ,איטליה בפיקודו של בניטו מוסוליני כבשה את מונטנגרו ב-1941 וסיפחה לממלכת איטליה את אזור קוטור (קטרו), שם הייתה אוכלוסייה קטנה דוברת ונציאנית.ממלכת הבובות של מונטנגרו נוצרה בשליטה פשיסטית בעוד קרסטו זרנוב פופוביץ' חזר מגלותו ברומא ב-1941 כדי לנסות להנהיג את מפלגת זלנאשי ("הירוקה") שתמכה בהשבת המלוכה המונטנגרית.למיליציה זו קראו חטיבת לובצ'ן.מונטנגרו נפגעה במלחמת גרילה איומה, בעיקר לאחר שגרמניה הנאצית החליפה את האיטלקים המובסים בספטמבר 1943.במהלך מלחמת העולם השנייה, כפי שהיה במקומות רבים אחרים ביוגוסלביה, מונטנגרו הייתה מעורבת במלחמת אזרחים כלשהי.מלבד הירוקים המונטנגרים, שני הפלגים העיקריים היו הצבא היוגוסלבי הצ'טניק, שנשבע אמונים לממשלה בגלות והורכב בעיקר ממונטנגרים שהכריזו על עצמם כסרבים (רבים מחבריו היו לבנים מונטנגרים) ופרטיזנים יוגוסלביים, שמטרתם הייתה היצירה. של יוגוסלביה סוציאליסטית לאחר המלחמה.מאחר ששתי הפלגים חלקו קווי דמיון במטרותיהם, במיוחד אלה הנוגעות ליוגוסלביה מאוחדת ולהתנגדות נגד הציר, שני הצדדים שילבו ידיים וב-1941 החלו במרד ה-13 ביולי, המרד המאורגן הראשון באירופה הכבושה.זה התרחש חודשיים בלבד לאחר שנכנעה יוגוסלביה, ושחררה את רוב שטח מונטנגרו, אך המורדים לא הצליחו להחזיר לעצמם את השליטה בערים וערים מרכזיות.לאחר הניסיונות הכושלים לשחרר את הערים פליבליה וקולסין, האיטלקים, מתוגברים בגרמנים, כבשו מחדש את כל שטח המורדים.ברמת ההנהגה, חילוקי דעות בנוגע למדיניות המדינה (מלוכה צנטרליסטית מול רפובליקה סוציאליסטית פדרלית) הובילו בסופו של דבר לפיצול בין שני הצדדים;לאחר מכן הם הפכו לאויבים משם.ללא הרף, שני הפלגים ניסו להשיג תמיכה בקרב האוכלוסייה.עם זאת, בסופו של דבר איבדו הצ'טניקים במונטנגרו תמיכה בקרב האוכלוסייה, וכך גם פלגים אחרים של צ'טניקים בתוך יוגוסלביה.המנהיג בפועל של הצ'טניקים במונטנגרו, פאבלה דז'וריץ', יחד עם דמויות בולטים נוספים בתנועה כמו דושאן ארסוביץ' ודורה לשיץ', הוחזקו כאחראים למעשי טבח באוכלוסייה המוסלמית במזרח בוסניה וסנדזק במהלך 1944. האידיאולוגיה שלהם של סרביה הומוגנית. בתוך יוגוסלביה התגלתה כמכשול מרכזי בגיוס ליברלים, מיעוטים ומונטנגרים שראו במונטנגרו אומה בעלת זהות משלה.גורמים אלו, בנוסף לעובדה שחלק מהצ'טניקים ניהלו משא ומתן עם הציר, הביאו לכך שצבא צ'טניק היוגוסלבי איבד את התמיכה בקרב בעלות הברית בשנת 1943. באותה שנה נכנעה איטליה, שהייתה עד אז אחראית על האזור הכבוש. והוחלף בגרמניה, והלחימה נמשכה.פודגוריצה שוחררה על ידי הפרטיזנים הסוציאליסטים ב-19 בדצמבר 1944, ומלחמת השחרור ניצחה.ג'וסיפ ברוז טיטו הכיר בתרומתה האדירה של מונטנגרו למלחמה נגד מדינות הציר על ידי ביסוסה כאחת משש הרפובליקות של יוגוסלביה.