מחקר של גנטיקה אסייתית מצביע על כך שבני האדם המקוריים במזרח אסיה הגיעו מדרום מזרח אסיה.^[14] ניתן לחלק את קבוצות הילידים בחצי האי לשלוש אתניות: הנגריטוס, הסנואי והפרוטו-מלזים.^[15] התושבים הראשונים של חצי האי המלאי היו ככל הנראה נגריטוס.^[16] הציידים המזוליתיים הללו היו כנראה אבותיהם של הסמנג, קבוצת נגריטו אתנית.^[17] נראה שהסנואי הם קבוצה מורכבת, כאשר כמחצית משושלות ה-DNA המיטוכונדריאליות האימהיות נעוצות לאבות הקדמונים של ה-Semang וכמחציתם לנדידת אבות מאוחרת יותר מהודו-סין.חוקרים טוענים שהם צאצאים של חקלאים מוקדמים דוברי אוסטרו-אסיה, שהביאו הן את שפתם והן את הטכנולוגיה שלהם לחלק הדרומי של חצי האי לפני כ-4,000 שנה.הם התאחדו והתאחדו עם האוכלוסייה הילידית.^[18] לפרוטו מלאים יש מוצא מגוון יותר ^[19] והם התיישבו במלזיה בשנת 1000 לפני הספירה כתוצאה מהתפשטות אוסטרונזית.^[20] למרות שהם מראים כמה קשרים עם תושבים אחרים בדרום מזרח אסיה הימית, לחלקם יש גם מוצא בהודו-סין בסביבות תקופת הקרחון האחרון לפני כ-20,000 שנה.אזורים הכוללים את מה שהיא כיום מלזיה השתתפו בדרך הירקן הימי.רשת המסחר התקיימה במשך 3,000 שנים, בין השנים 2000 לפנה"ס עד 1000 לספירה.^[21]אנתרופולוגים תומכים ברעיון שמקורם של הפרוטו-מלזים ממה שהוא היום יונאן,סין .^[22] לאחר מכן, התפזרות מוקדמת של הולוקן דרך חצי האי המלאי אל הארכיפלג המלאי.^[23] בסביבות שנת 300 לפנה"ס, הם נדחקו פנימה על ידי הדוטרו-מלזים, אנשים מתקופת הברזל או הברונזה שמקורם בחלקם מהצ'אמים של קמבודיה וויאטנם .הקבוצה הראשונה בחצי האי שהשתמשה בכלי מתכת, הדוטרו-מלזים היו אבותיהם הישירים של המלזים של ימינו והביאו איתם טכניקות חקלאות מתקדמות.^[17] המלאים נותרו מפוצלים פוליטית בכל הארכיפלג המלאי, אם כי תרבות ומבנה חברתי משותפים היו משותפים.^[24]