במהלך הכיבוש, עלו מתחים אתניים והלאומיות גדלה.^[82] בריטניה הייתה פושטת רגל וממשלת הלייבור החדשה הייתה להוטה להסיג את כוחותיה מהמזרח.אבל רוב המלאים עסקו יותר בהגנה על עצמם מפני ה-MCP מאשר בדרישת עצמאות מהבריטים.ב-1944, הבריטים הכינו תוכניות לאיחוד מלאי, שיהפוך את מדינות מלאיות הפדרציות והלא-פדרציות, בתוספת פננג ומלאקה (אך לא סינגפור ), למושבת כתר אחת, במטרה לעצמאות.מהלך זה, שמטרתו עצמאות בסופו של דבר, נתקל בהתנגדות משמעותית מצד המלזים, בעיקר בשל האזרחות השווה המוצעת לסינים אתניים ולמיעוטים אחרים.הבריטים תפסו את הקבוצות הללו כנאמנות יותר במהלך המלחמה מהמלאים.התנגדות זו הביאה לפירוק האיחוד המלאי ב-1948, ופנתה את מקומה לפדרציה של מלאיה, ששמרה על האוטונומיה של שליטי מדינות מלאיות תחת חסות בריטית.במקביל לשינויים הפוליטיים הללו, המפלגה הקומוניסטית של מלאיה (MCP), הנתמכת בעיקר על ידי הסינים האתניים, צברה תאוצה.ה-MCP, בתחילה מפלגה חוקית, עברה למלחמת גרילה בשאיפה לגרש את הבריטים ממלאיה.ביולי 1948 הכריזה ממשלת בריטניה על מצב חירום, מה שגרם ל-MCP לסגת לתוך הג'ונגל ולהקים את צבא השחרור העממי המלאי.הסיבות העיקריות לסכסוך זה נעו בין שינויים חוקתיים שדחקו לשוליים את הסינים האתניים ועד לעקירת איכרים לפיתוח מטעים.עם זאת, ה-MCP זכה לתמיכה מינימלית מהמעצמות הקומוניסטיות העולמיות.מצב החירום המלאי, שנמשך בין 1948 ל-1960, ראה את הבריטים נוקטים בטקטיקות נגד התקוממות מודרניות, שתכנן סגן-גנרל סר ג'רלד טמפלר, נגד ה-MCP.בעוד שהסכסוך ראה את חלקו בזוועות, כמו טבח באטנג קאלי, האסטרטגיה הבריטית של בידוד ה-MCP מבסיס התמיכה שלו, יחד עם ויתורים כלכליים ופוליטיים, החלישו בהדרגה את המורדים.עד אמצע שנות ה-50, הגאות התהפכה נגד ה-MCP, והנחתה את הבמה לעצמאותה של הפדרציה בתוך חבר העמים ב-31 באוגוסט 1957, עם טונקו עבדול רחמן כראש הממשלה המכונן שלה.