בעקבות הכיבושים המונגולים, עיראק הפכה למחוז בפריפריה של האילחנאט , כאשר בגדד איבדה את מעמדה הבולט.המונגולים ניהלו ישירות את עיראק, הקווקז ומערב ודרום איראן , למעט גאורגיה , הסולטן הארטוקי של מרדין, וכופה ולוריסטן.המונגולים של קראונאס שלטו בחוראסאן כממלכה אוטונומית ולא שילמו מסים.גם שושלת הקארט המקומית של הראט נותרה אוטונומית.אנטוליה הייתה המחוז העשיר ביותר באילחנאט, וסיפקה רבע מהכנסותיה בעוד עיראק ודיארבקיר סיפקו יחד כ-35% מהכנסותיה.^[52] הג'לאיירידים, שושלת ג'לאייר מונגולית, ^[53] שלטו על עיראק ומערב פרס לאחר שהאילחנאט התפצל בשנות ה-30.סולטנות הג'לאיירית התקיימה כחמישים שנה.דעיכתה נבעה על ידי כיבושי טמרלן והתקוממויות על ידי הטורקמנים קארה קויונלו, הידועים גם בשם "טורקי הכבשים השחורות".לאחר מותו של טמרלן ב-1405, היה מאמץ חולף להחיות את סולטנות הג'לאיירית בדרום עיראק ובחוזיסטן.עם זאת, התעוררות זו הייתה קצרת מועד.הג'לאירידים נפלו בסופו של דבר בידי הקארה קויונלו, קבוצה טורקמנית נוספת, בשנת 1432, מה שסימן את סוף שלטונם באזור.