היוונים החזיקו מעמד בפלופונסוס עד 1460, והוונציאנים והגנואה נאחזו בחלק מהאיים, אך בתחילת המאה ה-16 כל יוון היבשתית ורוב האיים האגאי התיישבו על ידי האימפריה העות'מאנית , למעט כמה ערי נמל עדיין. המוחזק על ידי הוונציאנים (נפפליו, מונמבאסיה, פארגה ומתון החשובים שבהם).האיים הקיקלאדיים, באמצע הים האגאי, סופחו רשמית על ידי העות'מאנים ב-1579, למרות שהיו במעמד וסאלי מאז שנות ה-30 של המאה ה-19.קפריסין נפלה ב-1571, והוונציאנים שמרו על כרתים עד 1669. האיים היוניים מעולם לא נשלטו על ידי העות'מאנים, למעט קפלוניה (מ-1479 עד 1481 ומ-1485 עד 1500), ונשארו תחת שלטון הרפובליקה של ונציה. .באיים היוניים נולדה המדינה היוונית המודרנית, עם הקמת הרפובליקה של שבעת האיים בשנת 1800.יוון העות'מאנית הייתה חברה רב-אתנית.עם זאת, הרעיון המערבי המודרני של רב-תרבותיות, למרות שבמבט ראשון נראה כמתאים לשיטת הדוחן, נחשב כלא תואם את השיטה העות'מאנית.היוונים מצד אחד קיבלו כמה זכויות יתר וחופש;עם השני הם נחשפו לעריצות שנבעה מרשלנות של אנשי המינהל שלה, שלשלטון המרכזי הייתה רק שליטה מרחוק וחסרת שליטה.כשהעות'מאנים הגיעו, התרחשו שתי הגירות יווניות.ההגירה הראשונה גרמה לכך שהאינטליגנציה היוונית היגרה למערב אירופה והשפיעה על הופעת הרנסנס.ההגירה השנייה גרמה לכך שיוונים עזבו את המישורים של חצי האי היווני והתמקמו מחדש בהרים.שיטת הדוחן תרמה ללכידות האתנית של היוונים האורתודוקסים על ידי הפרדת העמים השונים בתוך האימפריה העות'מאנית על בסיס דת.היוונים שחיו במישורים בתקופת השלטון העות'מאני היו נוצרים שהתמודדו עם נטל השלטון הזר או קריפטו-נוצרים (מוסלמים יוונים שהיו מתרגלים סודיים של האמונה היוונית-אורתודוקסית).חלק מהיוונים הפכו לנוצרים קריפטו כדי להימנע ממיסים כבדים ובמקביל לבטא את זהותם על ידי שמירה על קשריהם עם הכנסייה היוונית אורתודוקסית.עם זאת, יוונים שהתאסלמו ולא היו נוצרים קריפטו נחשבו ל"טורקים" (מוסלמים) בעיני היוונים האורתודוקסים, גם אם לא אימצו את השפה הטורקית.העות'מאנים שלטו ברוב יוון עד תחילת המאה ה-19.המדינה ההלנית בשלטון עצמי הראשון מאז ימי הביניים, הוקמה במהלך מלחמות העצמאות הצרפתיות, בשנת 1800, 21 שנים לפני פרוץ המהפכה היוונית ביבשת יוון.זו הייתה הרפובליקה השבעיתית עם קורפו כבירה.