הפיטנה הראשונה, מלחמת אזרחים אסלאמית מוקדמת גדולה, הובילה לשינויים משמעותיים במשטר המצרים.בתקופה זו מינה הח'ליף עלי את מוחמד בן אבי בכר למושל מצרים.עם זאת, עמר בן אל-אס, שתמך באומיים , הביס את אבן אבי בכר בשנת 658 ושלט במצרים עד מותו בשנת 664. תחת האומאיים, פרטיזנים פרו-אומאיים כמו מסלאמה בן מוכאלאד אל-אנסרי המשיכו לשלוט במצרים עד ה-2. .במהלך הסכסוך הזה, הוקם משטר זובאריד הנתמך על ידי חריג'ים, שאינו פופולרי בקרב הערבים המקומיים.הח'ליף האומיי מרואן הראשון פלש למצרים בשנת 684, החזיר את השליטה האומיית ומינה את בנו, עבד אל-עזיז, כמושל, ששלט למעשה כמשנה למלך במשך 20 שנה.^[82]תחת האומאיים, מושלים כמו עבד אל-מאליק בן ריפאא אל-פחמי ואיוב בן שרהביל, שנבחרו מהאליטה הצבאית המקומית (ג'ונד), יישמו מדיניות שהגבירה את הלחץ על הקופטים ויזמה איסלאמיזציה.^[83] הדבר הוביל למספר מרידות קופטיות עקב מיסוי מוגבר, כשהבולט ביותר היה בשנת 725. הערבית הפכה לשפת הממשלה הרשמית בשנת 706, ותרמה להיווצרותה של ערבית מצרית.התקופה האומיית הסתיימה עם מרידות נוספות ב-739 וב-750.במהלך התקופה העבאסית , חוותה מצרים מיסויים חדשים ומרידות קופטיות נוספות.החלטתו של הח'ליף אל-מועתסים בשנת 834 לרכז את הכוח והשליטה הפיננסית הביאה לשינויים משמעותיים, כולל החלפת החיילים הערבים המקומיים בחיילים טורקים.המאה ה-9 ראתה את האוכלוסייה המוסלמית עלתה על הנוצרים הקופטים , עם התגברות תהליכי הערביזציה והאיסלאמיזציה."האנרכיה בסמארה" בלב העבאס הקלה על עלייתן של תנועות מהפכניות עליד במצרים.^[84]התקופה התולונית החלה בשנת 868 כאשר אחמד בן טולון מונה למושל, מה שסימן שינוי לקראת עצמאותה המדינית של מצרים.למרות מאבקי כוח פנימיים, אבן טולון הקים שלטון עצמאי דה-פקטו, צבר עושר משמעותי והרחיב השפעה לתוך הלבנט.אולם יורשיו התמודדו עם סכסוכים פנימיים ואיומים חיצוניים, שהובילו לכיבוש העבאסי מחדש של מצרים בשנת 905. ^[85]מצרים שלאחר ה-Tulunid ראתה סכסוכים מתמשכים ועלייתם של דמויות משפיעות כמו המפקד הטורקי מוחמד בן טוג' אל-איכשיד.מותו בשנת 946 הוביל לירושתו השלווה של בנו אונוג'ור ושלטונו של כפור לאחר מכן.עם זאת, הכיבוש הפאטימי בשנת 969 סיים תקופה זו, והוביל עידן חדש של ההיסטוריה המצרית.^[86]