התקופה המאוחרת של מצרים העתיקה, שנמשכה בין 664 ל-332 לפנה"ס, סימנה את השלב האחרון של השלטון המצרי הילידים וכללה את השליטה הפרסית על האזור.עידן זה החל לאחר תקופת הביניים השלישית ושלטונה של השושלת ה-25 הנובית, החל משושלת סאי שנוסדה על ידי פסמטיק הראשון בהשפעה ניאו-אשורית .השושלת ה-26, הידועה גם בשם שושלת סאי, שלטה בין 672 ל-525 לפני הספירה, תוך התמקדות באיחוד והתרחבות.Psamtik I יזם את האיחוד בסביבות שנת 656 לפנה"ס, בעצמו תוצאה ישירה של שפת תבאי האשורית.החלה בניית תעלה מהנילוס לים האדום.תקופה זו ראתה את ההשפעה המצרית המורחבת למזרח הקרוב ומשלחות צבאיות משמעותיות, כמו אלה של Psamtik II אל נוביה.^[69] הפפירוס של ברוקלין, טקסט רפואי בולט מתקופה זו, משקף את התקדמות העידן.^[70] אמנות מתקופה זו תיארה לעתים קרובות פולחנים של בעלי חיים, כמו האל פאטאיקוס עם תווי חיות.^[71]התקופה האחמנית הראשונה (525–404 לפנה"ס) החלה עם קרב פלוסיום, שראה את מצרים נכבשה על ידי האימפריה האחמנית הרחבה תחת קמביסס, ומצרים הפכה לסטראפיה.שושלת זו כללה קיסרים פרסיים כמו קמביסס, קסרקסס הראשון ודריוש הגדול, והיתה עדה למרידות כמו זו של אינרוס השני, שנתמכו על ידי האתונאים .סטראפים פרסיים, כמו אריאנדס ואחמנס, שלטו במצרים בתקופה זו.השושלות ה-28 עד ה-30 ייצגו את המקטע האחרון של שלטון ילידי משמעותי של מצרים.השושלת ה-28, שנמשכה בין 404 ל-398 לפני הספירה, כללה מלך יחיד, אמירטאוס.השושלת ה-29 (398–380 לפנה"ס) ראתה שליטים כמו האקור נאבקים בפלישות פרסיות.השושלת ה-30 (380–343 לפנה"ס), בהשפעת אמנות השושלת ה-26, הסתיימה עם תבוסתו של נקטנבו השני, והובילה לסיפוח מחדש על ידי פרס.התקופה האחמנית השנייה (343–332 לפנה"ס) סימנה את השושלת ה-31, כאשר קיסרי פרס שלטו כפרעונים עד כיבושו של אלכסנדר מוקדון בשנת 332 לפנה"ס.זה העביר את מצרים לתקופה ההלניסטית תחת שושלת תלמי שהוקמה על ידי תלמי הראשון סוטר, אחד הגנרלים של אלכסנדר.התקופה המאוחרת היא משמעותית עבור המעברים התרבותיים והפוליטיים שלה, המובילים להשתלבות בסופו של דבר של מצרים בעולם ההלניסטי.