המצור על נקסוס (499 לפנה"ס) היה ניסיון כושל של הצורר המילזיאני אריסטגורס, שפעל בתמיכה של, ובשם האימפריה הפרסית של דריוש הגדול, לכבוש את האי נקסוס.זה היה המערכה הפותחת של מלחמות יוון- פרס , שבסופו של דבר תימשך 50 שנה.לאריסטגורס פנו אריסטוקרטים נקסיאנים גולים, שביקשו לחזור לאי שלהם.כשהוא ראה הזדמנות לחזק את מעמדו במילטוס, ביקש אריסטגורס את עזרתו של אדון שלו, המלך הפרסי דריוש הגדול, והסטראפ המקומי, ארטפרנס, כדי לכבוש את נקסוס.בהסכמת המשלחת, הרכיבו הפרסים כוח של 200 טרירמות בפיקודו של מגאבייטס.המשלחת ירדה במהירות למבוי סתום.אריסטגורס ומגאבטס רבו במסע לנקסוס, ומישהו (אולי מגבטס) הודיע ​​לנאקסיאנים על הגעתו הקרובה של הכוח.כשהם הגיעו, הפרסים והיוניים עמדו אפוא בפני עיר שהוכנה היטב לעבור מצור.כוח המשלחת התיישב כדין למצור את המגינים, אך לאחר ארבעה חודשים ללא הצלחה, אזל הכסף ונאלץ לחזור לאסיה הקטנה.בעקבות המשלחת ההרסנית הזו, וחשה את סילוקו הקרוב כעריץ, בחר אריסטגורס להסית את יוניה כולה למרד נגד דריוש הגדול.לאחר מכן התפשט המרד לקאריה ולקפריסין.שלוש שנים של מערכה פרסית ברחבי אסיה הקטנה באו לאחר מכן, ללא השפעה מכרעת, לפני שהפרסים התאגדו מחדש ויצאו היישר למוקד המרד במילטוס.ב קרב לאדה , ניצחו הפרסים באופן מכריע את הצי היוני וסיימו למעשה את המרד.למרות שאסיה הקטנה הוחזרה לחיק הפרסי, דריוש נשבע להעניש את אתונה ואריתריה, שתמכו במרד.בשנת 492 לפנה"ס, לכן תחל הפלישה הפרסית הראשונה ליוון כתוצאה מההתקפה הכושלת על נקסוס, והמרד היוני.