Sodan puhkeaminen Tyynellämerellä joulukuussa 1941 sai britit Malayassa täysin valmistautumattomiksi.1930-luvulla, ennakoiden Japanin merivoiman kasvavaa uhkaa, he olivat rakentaneet suuren laivastotukikohdan Singaporeen , mutta he eivät koskaan odottaneet hyökkäystä Malajaan pohjoisesta.Ison-Britannian lentokapasiteettia Kaukoidässä ei ollut käytännössä lainkaan.Japanilaiset pystyivät näin ollen hyökkäämään tukikohdistaan ​​Ranskan Indo-Kiinassa rankaisematta, ja brittiläisten, australialaisten jaintialaisten joukkojen vastustuksesta huolimatta he valloittivat Malajan kahdessa kuukaudessa.Singapore, jolla ei ollut maapuolustusta, ilmasuojaa ja vesihuoltoa, pakotettiin antautumaan helmikuussa 1942. Myös Brittiläinen Pohjois-Borneo ja Brunei miehitettiin.Japanin siirtomaahallitus katsoi malaijia yleisaasialaisesta näkökulmasta ja edisti malaijilaisen nationalismin rajoitettua muotoa.Malaijilainen kansallismielinen Kesatuan Melayu Muda, Melayu Rayan puolestapuhujat, teki yhteistyötä japanilaisten kanssa sen käsityksen perusteella, että Japani yhdistäisi Hollannin Itä-Intian, Malajan ja Borneon ja myöntäisi niille itsenäisyyden.^[80] Miehittäjät pitivätkiinalaisia ​​kuitenkin vihollisen muukalaisina ja kohtelivat heitä erittäin ankarasti: niin kutsutun sook chingin (puhdistuminen kärsimyksen kautta) aikana jopa 80 000 kiinalaista tapettiin Malajassa ja Singaporessa.Malajan kommunistisen puolueen (MCP) johtamista kiinalaisista tuli Malaijan kansojen Japanin vastaisen armeijan (MPAJA) selkäranka.Britannian avustuksella MPAJAsta tuli tehokkain vastarintavoima miehitetyissä Aasian maissa.Vaikka japanilaiset väittivät kannattavansa malaijilaista nationalismia, he loukkasivat malaijilaista nationalismia sallimalla liittolaisensa Thaimaan liittää takaisin neljä pohjoista osavaltiota, Kedahin, Perlisin, Kelantanin ja Terengganun, jotka oli siirretty Brittiläiselle Malajalle vuonna 1909. Malajan menetys vientimarkkinat synnyttivät pian massatyöttömyyden, joka vaikutti kaikkiin rotuihin ja teki japanilaisista yhä epäsuositumpia.^[81]