تشدید مشکلات اقتصادی چالش‌های جدید نظامی بود.در اواخر دهه 1970، کامبوج تحت رژیم خمرهای سرخ شروع به آزار و اذیت و حمله به روستاهای ویتنامی در مرز مشترک کرد.در پایان سال 1978، رهبران ویتنامی تصمیم گرفتند دولت کامبوچیای دموکراتیک تحت سلطه خمرهای سرخ را حذف کنند، زیرا آن را طرفدار چین و خصمانه با ویتنام می دانستند.در 25 دسامبر 1978، 150000 سرباز ویتنامی به کامبوچیای دموکراتیک حمله کردند و ارتش انقلابی کامبوجی را تنها در دو هفته تسخیر کردند و بدین ترتیب به دولت پل پوت پایان دادند، که مسئول کشته شدن تقریباً یک چهارم کل کامبوجیان بین سال‌های 1975 تا دسامبر 1978 بود. قتل عام.مداخله نظامی ویتنام، و تسهیل متعاقب آن توسط نیروهای اشغالگر کمک های غذایی بین المللی برای کاهش قحطی عظیم، به نسل کشی پایان داد.^[220]در 8 ژانویه 1979 جمهوری خلق کامبوچیا (PRK) طرفدار ویتنام در پنوم پن تأسیس شد و آغاز یک اشغال ده ساله ویتنامی ها بود.در آن دوره، کامبوچیای دموکراتیک خمرهای سرخ همچنان توسط سازمان ملل به عنوان دولت قانونی کامبوچیا به رسمیت شناخته می شد، زیرا چندین گروه مقاومت مسلح برای مبارزه با اشغالگری ویتنامی تشکیل شد.در طول درگیری، این گروه ها در تایلند از سرویس هوایی ویژه ارتش بریتانیا آموزش می دیدند.^[221] در پشت صحنه، نخست وزیر هون سن از دولت PRK برای آغاز گفتگوهای صلح به جناح های دولت ائتلافی کامبوچیا دموکراتیک (CGDK) نزدیک شد.دولت ویتنام تحت فشار دیپلماتیک و اقتصادی جامعه بین‌المللی، یک سری اصلاحات اقتصادی و سیاست خارجی را به اجرا گذاشت و در سپتامبر 1989 از کامبوچیا خارج شد.