در سال 1965، در مواجهه با تشدید تنش ها و برای جلوگیری از درگیری بیشتر، تونکو عبدالرحمان، نخست وزیر مالزی، پیشنهاد اخراج سنگاپور از مالزی را داد.این توصیه متعاقباً توسط پارلمان مالزی در 9 اوت 1965 با رأی اتفاق آرا به نفع جدایی سنگاپور تصویب شد.در همان روز، لی کوان یو، نخست وزیر سنگاپور، احساسی بود که استقلال تازه یافته این شهر-دولت را اعلام کرد.برخلاف تصور عمومی که سنگاپور به طور یکجانبه اخراج شده است، اسناد اخیر نشان می دهد که گفتگوها بین حزب اقدام مردم (PAP) سنگاپور و اتحاد مالزی از ژوئیه 1964 ادامه داشته است. جدایی به گونه ای که آن را به عنوان یک تصمیم غیرقابل برگشت به مردم معرفی کرد که هدف آن منافع سیاسی و اقتصادی است.^[16]پس از جدایی، سنگاپور متحمل اصلاحات قانون اساسی شد که دولت شهر را به جمهوری سنگاپور تبدیل کرد.یوسف ایشاک، پیش از این یانگ دی پرتوان نگارا یا معاون سلطنت، به عنوان اولین رئیس جمهور سنگاپور افتتاح شد.در حالی که دلار مالایا و بورنئو بریتانیا برای مدت کوتاهی به عنوان ارز قانونی ادامه یافتند، بحث‌ها در مورد ارز مشترک بین سنگاپور و مالزی قبل از معرفی نهایی دلار سنگاپور در سال 1967 انجام شد. ^[17] در مالزی، کرسی‌های پارلمان قبلا برگزار می‌شد. توسط سنگاپور مجدداً به مالایا تخصیص داده شد که موازنه قدرت و نفوذ ایالت های صباح و ساراواک را تغییر داد.تصمیم جدایی سنگاپور از مالزی با واکنش های شدید به ویژه از سوی رهبران صباح و ساراواک مواجه شد.این رهبران احساس خیانت و سرخوردگی خود را به دلیل عدم مشورت در روند جدایی ابراز کردند. فواد استفنز، وزیر ارشد صباح، در نامه ای به لی کوان یو ابراز تاسف عمیقی کرد، در حالی که رهبرانی مانند اونگ کی هوی از حزب متحد خلق ساراواک از آنها سوال کردند. دلیل اصلی وجود مالزی پس از جدایی است.علی‌رغم این نگرانی‌ها، عبدالرزاق حسین معاون نخست‌وزیر مالزی از این تصمیم دفاع کرد و محرمانه بودن و فوریت این اقدام را به رویارویی جاری اندونزی و مالزی نسبت داد.^[18]