ریاست جمهوری پرویز مشرف از سال 1999 تا 2007 اولین باری بود که نیروهای لیبرال قدرت قابل توجهی در پاکستان داشتند.طرح‌هایی برای آزادسازی اقتصادی، خصوصی‌سازی و آزادی رسانه‌ها مطرح شد و شوکت عزیز، مدیر اجرایی سیتی‌بانک، کنترل اقتصاد را در دست گرفت.دولت مشرف کارگران سیاسی احزاب لیبرال را عفو کرد و محافظه‌کاران و چپ‌ها را کنار گذاشت.مشرف به طور قابل توجهی رسانه های خصوصی را با هدف مقابله با نفوذ فرهنگی هند گسترش داد.دادگاه عالی تا اکتبر 2002 دستور برگزاری انتخابات عمومی را صادر کرد و مشرف از حمله ایالات متحده به افغانستان در سال 2001 حمایت کرد. تنش با هند بر سر کشمیر منجر به بن بست نظامی در سال 2002 شد.همه پرسی سال 2002 مشرف که بحث برانگیز تلقی شد، دوره ریاست جمهوری او را تمدید کرد.در انتخابات عمومی سال 2002 لیبرال ها و میانه روها اکثریت را به دست آوردند و با حمایت مشرف دولتی تشکیل دادند.هفدهمین متمم قانون اساسی پاکستان به طور ماسبق به اقدامات مشرف مشروعیت بخشیده و دوره ریاست جمهوری او را تمدید کرد.شوکت عزیز در سال 2004 با تمرکز بر رشد اقتصادی، نخست وزیر شد اما با مخالفت برای اصلاحات اجتماعی روبرو شد.مشرف و عزیز از چندین سوء قصد در ارتباط با القاعده جان سالم به در بردند.در سطح بین المللی، اتهامات مربوط به اشاعه هسته ای اعتبار آنها را خدشه دار کرد.چالش‌های داخلی شامل درگیری‌ها در مناطق قبیله‌ای و آتش‌بس با طالبان در سال 2006 بود، اگرچه خشونت‌های فرقه‌ای همچنان ادامه داشت.