در سال 1947، پاکستان به عنوان یک کشور جدید با لیاقت علی خان به عنوان اولین نخست وزیر و محمد علی جناح به عنوان فرماندار کل و رئیس پارلمان ظهور کرد.جناح، با رد پیشنهاد لرد مونت باتن برای فرمانداری کل هند و پاکستان، کشور را تا زمان مرگش در سال 1948 رهبری کرد. تحت رهبری او، پاکستان گام هایی را برای تبدیل شدن به یک کشور اسلامی برداشت، به ویژه با ارائه قطعنامه اهداف توسط نخست وزیر. خان در سال 1949، با تاکید بر حاکمیت خداوند.قطعنامه اهداف اعلام کرد که حاکمیت بر کل جهان از آن خداوند متعال است.^[5]سالهای اولیه پاکستان نیز شاهد مهاجرت قابل توجهی از هند، به ویژه به کراچی، ^[6] اولین پایتخت بود.برای تقویت زیرساخت های مالی پاکستان، وزیر دارایی ویکتور ترنر اولین سیاست پولی این کشور را اجرا کرد.این شامل تأسیس مؤسسات کلیدی مانند بانک ایالتی، اداره آمار فدرال، و هیئت فدرال درآمد، با هدف افزایش قابلیت‌های کشور در امور مالی، مالیات و جمع‌آوری درآمد بود.^[7] با این حال، پاکستان با مسائل مهمی با هند مواجه شد.در آوریل 1948، هند آبرسانی به پاکستان را از دو کانال اصلی در پنجاب قطع کرد و تنش بین دو کشور را تشدید کرد.علاوه بر این، هند در ابتدا سهم پاکستان از دارایی ها و وجوه خود را از هند متحد خودداری کرد.این دارایی ها در نهایت تحت فشار مهاتما گاندی آزاد شدند.^[8] مشکلات سرزمینی با همسایه افغانستان بر سر مرز پاکستان و افغانستان در سال 1949 و با هند بر سر خط کنترل در کشمیر به وجود آمد.^[9]این کشور همچنین به دنبال به رسمیت شناختن بین المللی بود و ایران اولین کشوری بود که آن را به رسمیت شناخت، اما با اکراه اولیه اتحاد جماهیر شوروی و اسرائیل مواجه شد.پاکستان به طور فعال رهبری در جهان اسلام را با هدف متحد کردن کشورهای مسلمان دنبال می کرد.اما این جاه طلبی در سطح بین المللی و برخی از کشورهای عربی با شک و تردید مواجه شد.پاکستان همچنین از جنبش‌های استقلال‌طلب مختلف در جهان اسلام حمایت کرد.در داخل کشور، سیاست زبان به یک موضوع بحث برانگیز تبدیل شد و جناح اردو را به عنوان زبان دولتی اعلام کرد که منجر به تنش در بنگال شرقی شد.پس از مرگ جناح در سال 1948، سر خواجه ناظم الدین فرماندار کل شد و به تلاش های ملت سازی در سال های شکل گیری پاکستان ادامه داد.