دوره منتهی به اعلام حکومت نظامی ایوب خان در پاکستان با بی ثباتی سیاسی و سیاست فرقه ای مشخص شد.دولت که در حکمرانی خود شکست خورده تلقی می شود، با مسائلی مانند اختلافات حل نشده آب کانال که بر اقتصاد متکی به کشاورزی تأثیر می گذارد و چالش هایی در پرداختن به حضور هند در جامو و کشمیر، مواجه شد.در سال 1956 پاکستان با قانون اساسی جدید از قلمرو بریتانیا به جمهوری اسلامی تبدیل شد و سرلشکر اسکندر میرزا اولین رئیس جمهور شد.با این حال، این دوره شاهد آشفتگی سیاسی قابل توجه و جانشینی سریع چهار نخست وزیر در عرض دو سال بود که باعث تحریک بیشتر مردم و ارتش شد.استفاده بحث‌برانگیز میرزا از قدرت، به‌ویژه طرح یک واحد او که استان‌های پاکستان را به دو جناح، پاکستان شرقی و غربی ادغام می‌کرد، از نظر سیاسی تفرقه‌انگیز بود و اجرای آن دشوار بود.این آشفتگی و اقدامات میرزا منجر به این باور در ارتش شد که یک کودتا از سوی مردم حمایت خواهد شد و راه را برای به دست گرفتن کنترل ایوب خان هموار کرد.در 7 اکتبر، رئیس جمهور میرزا حکومت نظامی اعلام کرد، قانون اساسی 1956 را ملغی کرد، دولت را عزل کرد، نهادهای قانونگذاری را منحل کرد و احزاب سیاسی را غیرقانونی اعلام کرد.او ژنرال ایوب خان را به عنوان رئیس حکومت نظامی منصوب کرد و او را به عنوان نخست وزیر جدید پیشنهاد کرد.هم میرزا و هم ایوب خان یکدیگر را به عنوان رقیبی برای کسب قدرت می نگریستند.میرزا که احساس می‌کرد بعد از اینکه ایوب خان اکثریت قوه مجریه را به‌عنوان رئیس حکومت نظامی و نخست‌وزیر به دست گرفت، نقش خود را زائد می‌کرد، تلاش کرد تا موقعیت خود را مجدداً حفظ کند.برعکس، ایوب خان به میرزا مشکوک شد که علیه او توطئه کرده است.گفته می شود که ایوب خان پس از بازگشت از داکا از قصد میرزا برای دستگیری او مطلع شد.در نهایت، اعتقاد عمومی بر این است که ایوب خان با حمایت سرداران وفادار، میرزا را مجبور به کناره گیری کرد.^[14] به دنبال آن، میرزا ابتدا به کویته، پایتخت بلوچستان برده شد و سپس در 27 نوامبر به لندن، انگلستان تبعید شد و تا زمان درگذشتش در سال 1969 در آنجا زندگی کرد.کودتای نظامی ابتدا در پاکستان به عنوان مهلتی برای حکومت بی ثبات، با امید به ثبات اقتصادی و نوسازی سیاسی مورد استقبال قرار گرفت.رژیم ایوب خان از سوی دولت های خارجی از جمله ایالات متحده حمایت می شد.^[15] او نقش های رئیس جمهور و نخست وزیر را ترکیب کرد و کابینه ای متشکل از تکنوکرات ها، افسران نظامی و دیپلمات ها را تشکیل داد.ایوب خان ژنرال محمد موسی را به عنوان رئیس جدید ارتش منصوب کرد و برای تصرف او بر اساس «دکترین ضرورت» اعتبار قضایی را تضمین کرد.