در اواخر قرن یازدهم، سلسله خوارزمیان کنترل عراق را به دست گرفتند.این دوره از حکومت سکولار ترکها و خلافت عباسی با حمله مغول در قرن سیزدهم به پایان رسید.^[51] مغول‌ها به رهبری چنگیزخان تا سال 1221 خوارزمیه را فتح کردند. با این حال، عراق به دلیل مرگ چنگیزخان در سال 1227 و جنگ‌های قدرت در داخل امپراتوری مغول، مهلت موقتی را تجربه کرد.مونگکه خان، از سال 1251، توسعه مغول را دوباره شعله ور کرد، و زمانی که خلیفه المستعصم خواسته های مغول را رد کرد، بغداد با محاصره ای به رهبری هولاکو خان ​​در سال 1258 مواجه شد.محاصره بغداد، رویدادی حیاتی در فتوحات مغول، از 29 ژانویه تا 10 فوریه 1258 به مدت 13 روز طول کشید. نیروهای مغول ایلخانی ، همراه با متحدان خود، بغداد، پایتخت خلافت عباسی را در زمان خود محاصره، تصرف کردند و در نهایت غارت کردند. .این محاصره منجر به قتل عام اکثر ساکنان شهر شد که احتمالاً به صدها هزار نفر می رسد.میزان تخریب کتابخانه های شهر و محتوای ارزشمند آنها همچنان موضوع بحث مورخان است.قوای مغول المستعصم را اعدام کردند و بغداد را به شدت خالی از سکنه و ویرانی کردند.این محاصره به طور نمادین پایان عصر طلایی اسلامی بود، دوره ای که در طی آن خلفا سلطه خود را از شبه جزیره ایبری تا سند گسترش داده بودند.