هشت سال دو دوره ریاست جمهوری محمد خاتمی در سال های 1376 تا 1384 را گاهی دوران اصلاحات ایران می نامند.^[122] ریاست جمهوری محمد خاتمی، که از 23 می 1997 آغاز شد، با تأکید بر اصلاحات و نوسازی، تغییر چشمگیری را در چشم انداز سیاسی ایران رقم زد.پیروزی خاتمی در انتخابات با کسب 70 درصد آرا در میان مشارکت بالای 80 درصد، به دلیل حمایت گسترده‌اش از جمله چپ‌های سنتی، رهبران تجاری حامی باز بودن اقتصادی، و رای‌دهندگان جوان‌تر قابل توجه بود.^[123]انتخاب خاتمی نشان دهنده تمایل به تغییر در جامعه ایران، به ویژه پس از جنگ ایران و عراق و دوره بازسازی پس از جنگ بود.دوران ریاست جمهوری او که اغلب با «جنبش دوم خرداد» همراه بود، بر حاکمیت قانون، دموکراسی و مشارکت سیاسی فراگیر متمرکز بود.در ابتدا، دوره جدید شاهد آزادسازی قابل توجهی بود.تعداد روزنامه های منتشر شده در ایران از پنج به بیست و شش روزنامه افزایش یافت.نشریات و نشر کتاب نیز افزایش یافت.صنعت سینمای ایران در زمان رژیم خاتمی رونق گرفت و فیلم‌های ایرانی در جشنواره‌های کن و ونیز جوایزی کسب کردند.^[124] با این حال، برنامه اصلاح طلبانه او اغلب با عناصر محافظه کار ایران، به ویژه آنهایی که در مناصب قدرتمندی مانند شورای نگهبان بودند، درگیر شد.این درگیری‌ها اغلب به شکست خاتمی در نبردهای سیاسی منجر می‌شد که منجر به سرخوردگی حامیان وی می‌شد.در سال 1999، محدودیت‌های جدیدی بر روی مطبوعات گذاشته شد.دادگاه ها بیش از 60 روزنامه را توقیف کردند.^[124] متحدان مهم رئیس جمهور خاتمی بر اساس آنچه که ناظران بیرونی آن را «جعلی» ^[125] یا دلایل ایدئولوژیک می دانستند، دستگیر، محاکمه و زندانی شدند.دولت خاتمی بر اساس قانون اساسی تابع رهبر بود و اختیارات وی را بر نهادهای کلیدی دولتی محدود می کرد.تلاش قانونگذاری قابل توجه او، "لایحه های دوقلو"، با هدف اصلاح قوانین انتخاباتی و شفاف سازی اختیارات ریاست جمهوری بود.این لوایح به تصویب مجلس رسید اما توسط شورای نگهبان وتو شد که نمادی از چالش های پیش روی خاتمی در اجرای اصلاحات بود.مشخصه ریاست جمهوری خاتمی بر آزادی مطبوعات، جامعه مدنی، حقوق زنان، مدارا مذهبی و توسعه سیاسی بود.او به دنبال بهبود وجهه ایران در سطح بین المللی بود و با اتحادیه اروپا تعامل داشت و اولین رئیس جمهور ایران بود که از چندین کشور اروپایی بازدید می کرد.سیاست‌های اقتصادی او با تمرکز بر خصوصی‌سازی و ادغام اقتصاد ایران در بازار جهانی، تلاش‌های صنعتی‌سازی دولت‌های قبلی را ادامه داد.علیرغم این تلاش ها، ایران با چالش های مهمی از جمله بیکاری و مبارزه مداوم با فقر مواجه بود.هدف خاتمی در سیاست خارجی، آشتی بر سر تقابل، حمایت از «گفتگوی تمدن‌ها» و تلاش برای اصلاح روابط با غرب بود.چندین کشور اتحادیه اروپا در اواخر دهه 1990 شروع به تجدید روابط اقتصادی با ایران کردند و تجارت و سرمایه گذاری افزایش یافت.در سال 1998، بریتانیا روابط دیپلماتیک خود را با ایران که از زمان انقلاب 1979 قطع شده بود، دوباره برقرار کرد.ایالات متحده تحریم اقتصادی خود را کاهش داد، اما با این استدلال که این کشور در تروریسم بین‌المللی دست داشته و در حال توسعه ظرفیت تسلیحات هسته‌ای است، به مسدود کردن روابط عادی‌تر ادامه داد.