هنگامی که هیستیائوس از سقوط میلتوس شنید، به نظر می رسد که خود را به عنوان رهبر مقاومت علیه ایران منصوب کرده است.با حرکت از بیزانس با نیروهای لزبین خود، به خیوس رفت.چی ها از پذیرایی از او خودداری کردند، بنابراین او به بقایای ناوگان چیان حمله کرد و آن ها را نابود کرد.پس از آن، Chians به دلیل دو شکست در دریا، به رهبری هیستیائوس رضایت دادند.هیستیائوس اکنون نیروی زیادی از یونی ها و آئولیان ها را جمع آوری کرد و به محاصره تاسوس رفت.با این حال، او سپس این خبر را دریافت کرد که ناوگان ایرانی از میلتوس برای حمله به بقیه ایونیا حرکت می کند، بنابراین به سرعت به لسبوس بازگشت.به منظور تغذیه ارتش خود، او اکتشافات جستجوی علوفه را به سرزمین اصلی در نزدیکی Atarneus و Myus هدایت کرد.یک نیروی بزرگ ایرانی تحت فرماندهی هارپاگوس در آن منطقه بود و در نهایت یک لشکرکشی جستجوگر را در نزدیکی Malene رهگیری کرد.نبرد متعاقب آن سخت بود، اما با یک حمله موفق سواره نظام پارسی به پایان رسید و خط یونانی را از بین برد.هیستیائوس خود به ایرانیان تسلیم شد و فکر می کرد که می تواند خود را به عفو داریوش برساند.با این حال، او را به جای آرتافرنس بردند، او با آگاهی کامل از خیانت گذشته هیستیائوس، او را به چوب بست و سپس سر مومیایی شده او را نزد داریوش فرستاد.ناوگان و ارتش ایران در میلتوس زمستان گذرانی کردند، قبل از اینکه در سال 493 ق.م.آنها به جزایر Chios، Lesbos و Tenedos حمله کردند و آنها را تصرف کردند.روی هر یک، آنها یک «شبکه انسانی» از نیروها درست کردند و تمام جزیره را در نوردیدند تا شورشیان مخفی را از بین ببرند.آنها سپس به سرزمین اصلی رفتند و هر یک از شهرهای باقی مانده از Ionia را تصرف کردند و به طور مشابه به دنبال شورشیان باقی مانده بودند.اگرچه شهرهای ایونیا بدون شک پس از آن تحت تأثیر قرار گرفتند، به نظر می رسد که هیچ یک از آنها به سرنوشت میلتوس دچار نشده اند.هرودوت می گوید ایرانیان از هر شهر خوش تیپ ترین پسران را انتخاب می کردند و آنها را اخته می کردند و زیباترین دختران را انتخاب می کردند و به حرمسرای پادشاه می فرستادند و سپس معابد شهرها را می سوزاندند.در حالی که این احتمالاً درست است، هرودوت نیز احتمالاً در مقیاس ویرانی اغراق می کند. در چند سال، شهرها کم و بیش به حالت عادی بازگشته بودند و آنها توانستند ناوگان بزرگی را برای دومین حمله ایرانیان به یونان، فقط 13 سال، تجهیز کنند. سالها بعدسپس ارتش ایران سکونتگاه‌های سمت آسیایی پروپونتیس را مجدداً فتح کرد، در حالی که ناوگان ایرانی به سمت سواحل اروپایی هلسپونت حرکت کرد و هر شهرک را به نوبه خود گرفت.با بازگشت تمام آسیای صغیر به حکومت پارسیان، شورش سرانجام پایان یافت.