Η Πρώτη Φίτνα, ένας σημαντικός πρώιμος ισλαμικός εμφύλιος πόλεμος, οδήγησε σε σημαντικές αλλαγές στη διακυβέρνηση της Αιγύπτου.Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, ο χαλίφης Αλί διόρισε τον Μοχάμεντ ιμπν Άμπι Μπακρ κυβερνήτη της Αιγύπτου.Ωστόσο, ο Amr ibn al-As, υποστηρίζοντας τους Umayyads , νίκησε τον Ibn Abi Bakr το 658 και κυβέρνησε την Αίγυπτο μέχρι τον θάνατό του το 664. Υπό τους Umayyad, αντάρτες υπέρ των Umayyad, όπως ο Maslama ibn Mukhallad al-Ansari συνέχισαν να κυβερνούν την Αίγυπτο μέχρι τη δεύτερη Φίτνα .Κατά τη διάρκεια αυτής της σύγκρουσης, εγκαθιδρύθηκε το καθεστώς των Ζουμπαϊρίντ που υποστηρίχθηκε από τους Χαριτζίτες, που δεν ήταν δημοφιλές στους ντόπιους Άραβες.Ο χαλίφης των Ομαγιάδων Μαρουάν Α' εισέβαλε στην Αίγυπτο το 684, αποκαθιστώντας τον έλεγχο των Ομαγιάδων και διορίζοντας τον γιο του, Αμπντ αλ-Αζίζ, κυβερνήτη, ο οποίος κυβέρνησε ουσιαστικά ως αντιβασιλέας για 20 χρόνια.^[82]Υπό τους Ομαγιάδες, κυβερνήτες όπως ο Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi και ο Ayyub ibn Sharhabil, επιλεγμένοι από την τοπική στρατιωτική ελίτ (jund), εφάρμοσαν πολιτικές που αύξησαν την πίεση στους Κόπτες και ξεκίνησαν τον εξισλαμισμό.^[83] Αυτό οδήγησε σε πολλές εξεγέρσεις των Κοπτών λόγω της αυξημένης φορολογίας, με πιο αξιοσημείωτη το 725. Τα αραβικά έγιναν η επίσημη γλώσσα της κυβέρνησης το 706, συμβάλλοντας στον σχηματισμό της αιγυπτιακής αραβικής.Η περίοδος των Ομαγιάδων τελείωσε με περαιτέρω εξεγέρσεις το 739 και το 750.Κατά την περίοδο των Αββασιδών , η Αίγυπτος γνώρισε νέους φόρους και περαιτέρω εξεγέρσεις των Κοπτών.Η απόφαση του χαλίφη al-Mu'tasim το 834 να συγκεντρώσει την εξουσία και τον οικονομικό έλεγχο οδήγησε σε σημαντικές αλλαγές, συμπεριλαμβανομένης της αντικατάστασης των τοπικών αραβικών στρατευμάτων με Τούρκους στρατιώτες.Ο 9ος αιώνας είδε τον μουσουλμανικό πληθυσμό να ξεπερνά τους Κόπτες Χριστιανούς , με τις διαδικασίες αραβοποίησης και εξισλαμισμού να εντείνονται.Η «Αναρχία στη Σαμάρα» στην καρδιά των Αβασιδών διευκόλυνε την άνοδο των επαναστατικών κινημάτων των Αλήδων στην Αίγυπτο.^[84]Η περίοδος των Τουλουνιδών ξεκίνησε το 868 όταν ο Αχμάντ ιμπν Τουλούν διορίστηκε κυβερνήτης, σηματοδοτώντας μια στροφή προς την πολιτική ανεξαρτησία της Αιγύπτου.Παρά τις εσωτερικές διαμάχες για την εξουσία, ο Ibn Tulun καθιέρωσε μια de facto ανεξάρτητη εξουσία, συσσωρεύοντας σημαντικό πλούτο και επεκτείνοντας την επιρροή στο Λεβάντε.Οι διάδοχοί του, ωστόσο, αντιμετώπισαν εσωτερικές διαμάχες και εξωτερικές απειλές, που οδήγησαν στην ανακατάληψη της Αιγύπτου από τους Αββασίδες το 905 ^{[85 .]}Η Αίγυπτος μετά το Tulunid είδε συνεχείς συγκρούσεις και την άνοδο προσωπικοτήτων με επιρροή όπως ο Τούρκος διοικητής Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Ο θάνατός του το 946 οδήγησε στην ειρηνική διαδοχή του γιου του Unujur και στην επακόλουθη διακυβέρνηση του Kafur.Ωστόσο, η κατάκτηση των Φατιμιδών το 969 τελείωσε αυτή την περίοδο, εγκαινιάζοντας μια νέα εποχή της αιγυπτιακής ιστορίας.^[86]