Die Erste Fitna, ein großer frühislamischer Bürgerkrieg, führte zu bedeutenden Veränderungen in der ägyptischen Regierung.In dieser Zeit ernannte Kalif Ali Muhammad ibn Abi Bakr zum Gouverneur Ägyptens.Allerdings besiegte Amr ibn al-As, der die Umayyaden unterstützte, Ibn Abi Bakr im Jahr 658 und regierte Ägypten bis zu seinem Tod im Jahr 664. Unter den Umayyaden regierten pro-umayyadische Partisanen wie Maslama ibn Mukhallad al-Ansari weiterhin Ägypten bis zur Zweiten Fitna .Während dieses Konflikts wurde das von den Kharijiten unterstützte Zubayrid-Regime gegründet, das bei den einheimischen Arabern unbeliebt war.Der umayyadische Kalif Marwan I. fiel 684 in Ägypten ein, stellte die Kontrolle der Umayyaden wieder her und ernannte seinen Sohn Abd al-Aziz zum Gouverneur, der 20 Jahre lang praktisch als Vizekönig regierte.^[82]Unter den Umayyaden setzten Gouverneure wie Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi und Ayyub ibn Sharhabil, die aus der örtlichen Militärelite (Jund) ausgewählt wurden, Maßnahmen um, die den Druck auf die Kopten erhöhten und die Islamisierung einleiteten.^[83] Dies führte zu mehreren koptischen Aufständen aufgrund erhöhter Steuern, der bemerkenswerteste fand im Jahr 725 statt. Arabisch wurde im Jahr 706 zur offiziellen Regierungssprache und trug zur Entstehung des ägyptischen Arabisch bei.Die Umayyaden-Zeit endete mit weiteren Aufständen in den Jahren 739 und 750.Während der Abbasidenzeit kam es in Ägypten zu neuen Steuern und weiteren koptischen Aufständen.Die Entscheidung des Kalifen al-Mu'tasim im Jahr 834, Macht und Finanzkontrolle zu zentralisieren, führte zu bedeutenden Veränderungen, einschließlich der Ersetzung lokaler arabischer Truppen durch türkische Soldaten.Im 9. Jahrhundert übertraf die muslimische Bevölkerung die koptischen Christen , und die Arabisierungs- und Islamisierungsprozesse intensivierten sich.Die „Anarchie in Samarra“ im Kernland der Abbasiden erleichterte den Aufstieg der revolutionären Bewegungen der Aliden in Ägypten.^[84]Die Tulunidenzeit begann im Jahr 868, als Ahmad ibn Tulun zum Gouverneur ernannt wurde, was einen Wandel hin zur politischen Unabhängigkeit Ägyptens markierte.Trotz interner Machtkämpfe etablierte Ibn Tulun de facto eine unabhängige Herrschaft, häufte beträchtlichen Reichtum an und dehnte seinen Einfluss bis in die Levante aus.Seine Nachfolger sahen sich jedoch internen Konflikten und externen Bedrohungen ausgesetzt, was zur Rückeroberung Ägyptens durch die Abbasiden im Jahr 905 führte ^{[. 85]}In Ägypten nach den Tuluniden gab es anhaltende Konflikte und den Aufstieg einflussreicher Persönlichkeiten wie des türkischen Befehlshabers Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Sein Tod im Jahr 946 führte zur friedlichen Thronfolge seines Sohnes Unujur und zur anschließenden Herrschaft von Kafur.Die Eroberung durch die Fatimiden im Jahr 969 beendete diese Periode jedoch und leitete eine neue Ära der ägyptischen Geschichte ein.^[86]