Borgerkrigen mellem Lê-Trịnh og Mạc dynastierne sluttede i 1592, da hæren fra Trịnh Tùng erobrede Hanoi og henrettede kong Mạc Mậu Hợp.Overlevende fra Mạc-kongefamilien flygtede til de nordlige bjerge i provinsen Cao Bằng og fortsatte med at regere der indtil 1677, da Trịnh Tạc erobrede dette sidste Mạc-territorium.Lê-monarkerne har lige siden Nguyễn Kims restaurering kun fungeret som galionsfigurer.Efter Mạc-dynastiets fald tilhørte al reel magt i nord Trịnh-herrerne.I mellemtiden besluttede Ming-domstolen modvilligt en militær intervention i den vietnamesiske borgerkrig, men Mạc Đăng Dung tilbød rituel underkastelse til Ming-imperiet , hvilket blev accepteret.I år 1600 erklærede Nguyễn Hoàng også sig selv som Herre (officielt "Vương") og nægtede at sende flere penge eller soldater for at hjælpe Trịnh.Han flyttede også sin hovedstad til Phú Xuân, nutidens Huế.Trịnh Tráng efterfulgte Trịnh Tùng, sin far, ved hans død i 1623. Tráng beordrede Nguyễn Phúc Nguyên til at underkaste sig hans autoritet.Ordren blev afvist to gange.I 1627 sendte Trịnh Tráng 150.000 tropper sydpå i en mislykket militærkampagne.Trịnh var meget stærkere med en større befolkning, økonomi og hær, men de var ude af stand til at besejre Nguyễn, som havde bygget to defensive stenmure og investeret i portugisisk artilleri.Trịnh-Nguyễn-krigen varede fra 1627 til 1672. Trịnh-hæren iscenesatte mindst syv offensiver, som alle ikke lykkedes med at fange Phú Xuân.I en periode, startende i 1651, gik Nguyễn selv i offensiven og angreb dele af Trịnh-territoriet.Imidlertid tvang Trịnh, under en ny leder, Trịnh Tạc, Nguyễn tilbage i 1655. Efter en sidste offensiv i 1672 indvilligede Trịnh Tạc i en våbenhvile med Nguyễn Lord Nguyễn Phúc Tần.Landet blev reelt delt i to.Trịnh-Nguyễn-krigen gav europæiske handlende muligheder for at støtte hver side med våben og teknologi: Portugiserne hjalp Nguyễn i syd, mens hollænderne hjalp Trịnh i nord.Trịnh og Nguyễn opretholdt en relativ fred i de næste hundrede år, hvor begge sider opnåede betydelige resultater.Trịnh skabte centraliserede regeringskontorer med ansvar for statsbudgettet og produktion af valuta, forenede vægtenhederne i et decimalsystem, etablerede trykkerier for at reducere behovet for at importere trykt materiale fra Kina, åbnede et militærakademi og kompilerede historiebøger.I mellemtiden fortsatte Nguyễn-herrerne udvidelsen mod syd ved erobringen af ​​det resterende Cham-land.Việt-bosættere ankom også til det tyndt befolkede område kendt som "Water Chenla", som var den nedre Mekong-delta-del af det tidligere Khmer-imperium .Mellem midten af ​​det 17. århundrede til midten af ​​det 18. århundrede, da det tidligere Khmer-imperium blev svækket af interne stridigheder og siamesiske invasioner, brugte Nguyễn Lords forskellige midler, politisk ægteskab, diplomatisk pres, politiske og militære tjenester, for at vinde området omkring det nuværende. -dag Saigon og Mekong-deltaet.Nguyễn-hæren stødte til tider også sammen med den siamesiske hær for at etablere indflydelse over det tidligere Khmer-imperium.