Fra 1480'erne stod Ava over for konstante interne oprør og eksterne angreb fra Shan-staterne og begyndte at gå i opløsning.I 1510 erklærede Taungoo, der ligger i det afsidesliggende sydøstlige hjørne af Ava-kongeriget, også uafhængighed.^[39] Da Konføderationen af ​​Shan-stater erobrede Ava i 1527, flygtede mange flygtninge mod sydøst til Taungoo, et landfast smårige i fred, og et omgivet af større fjendtlige kongeriger.Taungoo, ledet af sin ambitiøse kong Tabinshwehti og hans vicegeneral Bayinnaung, ville fortsætte med at genforene de småkongeriger, der havde eksisteret siden det hedenske imperiums fald, og fandt det største imperium i Sydøstasiens historie.Først besejrede opkomlingens rige en mere magtfuld Hanthawaddy i Taungoo-Hanthawaddy-krigen (1534-41).Tabinshwehti flyttede hovedstaden til det nyligt erobrede Bago i 1539. Taungoo havde udvidet sin autoritet op til Pagan i 1544, men det lykkedes ikke at erobre Arakan i 1545-47 og Siam i 1547-49.Tabinshwehtis efterfølger Bayinnaung fortsatte ekspansionspolitikken og erobrede Ava i 1555, Nearer/Cis-Salween Shan-staterne (1557), Lan Na (1558), Manipur (1560), Farther/Trans-Salween Shan-staterne (1562-63), Siam (1564, 1569) og Lan Xang (1565-74), og bragte meget af det vestlige og centrale fastland Sydøstasien under hans styre.Bayinnaung indførte et varigt administrativt system, der reducerede magten hos arvelige Shan-høvdinge og bragte Shan-skikke i overensstemmelse med lavlandsnormer.^[40] Men han kunne ikke kopiere et effektivt administrativt system overalt i sit fjerne imperium.Hans imperium var en løs samling af tidligere suveræne kongeriger, hvis konger var loyale over for ham, ikke kongeriget Taungoo.Det overudvidede imperium, holdt sammen af ​​protektor-klient-forhold, faldt kort efter hans død i 1581. Siam brød ud i 1584 og gik i krig med Burma indtil 1605. I 1597 havde kongeriget mistet alle sine ejendele, inklusive Taungoo, dynastiets slægtshjem.I 1599 fyrede de arakanesiske styrker, hjulpet af portugisiske lejesoldater, og i alliance med de oprørske Taungoo-styrker, Pegu.Landet faldt i kaos, hvor hver region gjorde krav på en konge.Den portugisiske lejesoldat Filipe de Brito e Nicote gjorde omgående oprør mod sine arakanesiske herrer og etablerede Goa-støttet portugisisk styre ved Thanlyin i 1603.På trods af at det var en tumultarisk tid for Myanmar, øgede Taungoo-udvidelserne nationens internationale rækkevidde.Nyrige købmænd fra Myanmar handlede så langt som til Rajahnatet i Cebu i Filippinerne , hvor de solgte burmesisk sukker (śarkarā) for Cebuano-guld.^[41] Filippinere havde også købmandssamfund i Myanmar, historiker William Henry Scott, der citerede det portugisiske manuskript Summa Orientalis, bemærkede, at Mottama i Burma (Myanmar) havde en stor tilstedeværelse af købmænd fra Mindanao, Filippinerne.^[42] The Lucoes, en rival til den anden filippinske gruppe, Mindanaoans, som i stedet kom fra øen Luzon, blev også hyret som lejesoldater og soldater for både Siam (Thailand) og Burma (Myanmar), i det burmesisk-siamesiske Krige, samme sag som portugiserne, som også var lejesoldater for begge sider.^[43]