En undersøgelse af asiatisk genetik tyder på, at de oprindelige mennesker i Østasien kom fra Sydøstasien.^[14] De oprindelige grupper på halvøen kan opdeles i tre etniciteter: Negritos, Senoi og proto-malayserne.^[15] De første indbyggere på den malaysiske halvø var sandsynligvis Negritos.^[16] Disse mesolitiske jægere var sandsynligvis forfædrene til Semang, en etnisk negritogruppe.^[17] Senoi synes at være en sammensat gruppe, hvor cirka halvdelen af ​​moderens mitokondrielle DNA-slægter spores tilbage til Semangs forfædre og omkring halvdelen til senere forfædres migrationer fra Indokina.Forskere antyder, at de er efterkommere af tidlige austroasietisk-talende landbrugere, som bragte både deres sprog og deres teknologi til den sydlige del af halvøen for cirka 4.000 år siden.De forenede sig og forenede sig med den oprindelige befolkning.^[18] Proto-malayerne har en mere forskelligartet oprindelse ^[19] og havde slået sig ned i Malaysia i 1000 fvt. som et resultat af austronesisk ekspansion.^[20] Selvom de viser nogle forbindelser med andre indbyggere i det maritime Sydøstasien, har nogle også en herkomst i Indokina omkring tiden for det sidste istidsmaksimum for omkring 20.000 år siden.Områder, der omfatter det, der nu er Malaysia, deltog i Maritime Jade Road.Handelsnetværket eksisterede i 3.000 år, mellem 2000 fvt til 1000 e.Kr.^[21]Antropologer støtter forestillingen om, at proto-malayserne stammer fra det, der i dag er Yunnan,Kina .^[22] Dette blev efterfulgt af en tidlig holocæn spredning gennem den malaysiske halvø ind i den malaysiske øgruppe.^[23] Omkring 300 f.v.t. blev de skubbet ind i landet af Deutero-Malays, et jernalder- eller bronzealderfolk nedstammede delvist fra Chams i Cambodja og Vietnam .Den første gruppe på halvøen, der brugte metalværktøj, deutero-malayerne var de direkte forfædre til nutidens malaysiske malaysere og bragte avancerede landbrugsteknikker med sig.^[17] Malayerne forblev politisk fragmenterede i hele den malaysiske øgruppe, selvom en fælles kultur og social struktur var delt.^[24]