Mellem 1258 og 1291 stod regionen over for uro som grænsen mellem mongolske angribere , lejlighedsvis allieret med korsfarere , ogmamelukkerne iEgypten .Denne konflikt førte til betydelig befolkningsreduktion og økonomiske vanskeligheder.Mamelukkerne var for det meste af tyrkisk oprindelse, og blev købt som børn og derefter trænet i krigsførelse.De var højt værdsatte krigere, som gav herskere uafhængighed af det indfødte aristokrati.I Egypten tog de kontrol over kongeriget efter en mislykket invasion af korsfarerne (syvende korstog).Mamelukkerne tog kontrol i Egypten og udvidede deres styre til Palæstina.Den første Mamluk-sultan, Qutuz, besejrede mongolerne i slaget ved Ain Jalut, men blev myrdet af Baibars, som efterfulgte ham og eliminerede de fleste korsfarerforposter.Mamelukkerne regerede Palæstina indtil 1516 og betragtede det som en del af Syrien.I Hebron stod jøder over for restriktioner ved Patriarkernes Hule, et betydeligt sted i jødedommen, en begrænsning, der varede indtil Seksdageskrigen.^[146]Al-Ashraf Khalil, en mamelukker-sultan, erobrede den sidste korsfarerhøjborg i 1291. Mamelukkerne fortsatte med ayyubid-politikken og ødelagde strategisk kystområder fra Tyrus til Gaza for at forhindre potentielle korsfarersøangreb.Denne ødelæggelse førte til langsigtet affolkning og økonomisk tilbagegang i disse områder.^[147]Det jødiske samfund i Palæstina oplevede foryngelse med tilstrømningen af ​​sefardiske jøder efter deres udvisning fraSpanien i 1492 og forfølgelse i Portugal i 1497. Under mamlukernes og senere osmanniske styre bosatte disse sefardiske jøder sig overvejende i byområder som Safed og Jerusalem, i kontrast til de mest landdistrikterne Musta'arbi jødiske samfund.^[148]