I 1241-1242 led kongeriget et stort slag i kølvandet på den mongolske invasion af Europa.Efter Ungarn blev invaderet af mongolerne i 1241, blev den ungarske hær besejret katastrofalt i slaget ved Mohi.Kong Béla IV flygtede fra slagmarken og derefter landet efter mongolerne forfulgte ham til dets grænser.Før mongolerne trak sig tilbage, døde en stor del af befolkningen (20-50 %).^[22] På sletterne blev mellem 50 og 80 % af bebyggelsen ødelagt.^[23] Kun slotte, stærkt befæstede byer og klostre kunne modstå angrebet, da mongolerne ikke havde tid til lange belejringer – deres mål var at rykke vestpå så hurtigt som muligt.Belejringsmaskinerne og dekinesiske og persiske ingeniører, der betjente dem for mongolerne, var blevet efterladt i Kyivan Rus' erobrede lande.^[24] Ødelæggelserne forårsaget af de mongolske invasioner førte senere til invitationen af ​​bosættere fra andre dele af Europa, især fra Tyskland.Under mongolernes kampagne mod Kievan Rus blev omkring 40.000 Cumans , medlemmer af en nomadisk stamme af hedenske Kipchaks, fordrevet vest for Karpaterne.^[25] Der appellerede Cumanerne til kong Béla IV om beskyttelse.^[26] Det iranske jassiske folk kom til Ungarn sammen med Cumanerne efter at de var blevet besejret af mongolerne.Cumans udgjorde måske op til 7-8% af befolkningen i Ungarn i anden halvdel af det 13. århundrede.^[27] I løbet af århundrederne blev de fuldt ud assimileret i den ungarske befolkning, og deres sprog forsvandt, men de bevarede deres identitet og deres regionale selvstyre indtil 1876. ^[28]Som en konsekvens af de mongolske invasioner beordrede kong Béla opførelsen af ​​hundredvis af stenslotte og fæstningsværker for at hjælpe med at forsvare sig mod en mulig anden mongolsk invasion.Mongolerne vendte faktisk tilbage til Ungarn i 1286, men de nybyggede stenslotsystemer og nye militære taktikker, der involverede en højere andel af tungt bevæbnede riddere, stoppede dem.Den invaderende mongolske styrke blev besejret nær Pest af den kongelige hær af kong Ladislaus IV.Senere invasioner blev også afvist på en praktisk måde.Borgene bygget af Béla IV viste sig at være meget nyttige på et senere tidspunkt i den lange kamp mod det Osmanniske Rige .Omkostningerne ved at bygge dem satte imidlertid den ungarske konge i gæld til de store feudale godsejere, så den kongelige magt, som Béla IV generobrede, efter at hans far Andrew II var blevet væsentligt svækket, blev endnu en gang spredt blandt den mindre adel.