Den franske ekspedition til Egypten , angiveligt for at støtte den osmanniske porte og undertrykkemamelukkerne , blev ledet af Napoleon Bonaparte.Bonapartes proklamation i Alexandria understregede lighed, fortjeneste og respekt for islam, i modsætning til mamlukkernes formodede mangel på disse kvaliteter.Han lovede åben adgang for alle egyptere til administrative stillinger og foreslog, at den pavelige autoritet skulle omstyrtes for at demonstrere fransk tilslutning til islam.^[102]Ægypterne var dog skeptiske over for franske hensigter.Efter den franske sejr i slaget ved Embabeh (Slaget ved pyramiderne), hvor Murad Bey og Ibrahim Beys styrker blev besejret, blev der dannet et kommunalbestyrelse i Kairo med sheiker, mamelukker og franske medlemmer, der hovedsageligt tjente til at håndhæve franske dekreter.^[102]Fransk uovervindelighed blev sat i tvivl efter deres flådes nederlag i slaget ved Nilen og fiasko i Øvre Egypten.Spændingerne eskalerede med indførelsen af ​​en husskat, hvilket førte til et oprør i Kairo i oktober 1798. Den franske general Dupuy blev dræbt, men Bonaparte og general Kléber undertrykte hurtigt opstanden.Den franske brug af Al-Azhar-moskeen som stald forårsagede dyb fornærmelse.^[102]Bonapartes syriske ekspedition i 1799 svækkede midlertidigt fransk kontrol i Egypten.Da han vendte tilbage, besejrede han et fælles angreb af Murad Bey og Ibrahim Bey og knuste senere en tyrkisk hær ved Aboukir.Bonaparte forlod derefter Egypten og udnævnte Kléber til sin efterfølger.^[102] Kléber stod over for en prekær situation.Efter indledende aftaler om fransk evakuering blev blokeret af briterne, oplevede Cairo optøjer, som Kléber undertrykte.Han forhandlede med Murad Bey og gav ham kontrol over Øvre Egypten, men Kléber blev myrdet i juni 1800. ^[102]General Jacques-Francois Menou efterfulgte Kléber, forsøgte at vinde muslimsk gunst, men fremmedgjorde egypterne ved at erklære et fransk protektorat.I 1801 landede engelske og tyrkiske styrker ved Abu Qir, hvilket førte til franske nederlag.General Belliard overgav Kairo i maj, og Menou kapitulerede i Alexandria i august, hvilket afsluttede den franske besættelse.^[102] Den varige arv fra den franske besættelse var "Description de l'Egypte", en detaljeret undersøgelse af Egypten af ​​franske forskere, som i væsentlig grad bidrog til egyptologiens område.^[102]