I begyndelsen af ​​det 16. århundrede, efter den osmanniske erobring af Egypten i 1517, udnævnte Sultan Selim I Yunus Pasha til guvernør i Egypten, men han blev hurtigt erstattet af Hayır Bey på grund af korruptionsproblemer.^[97] Denne periode markerede en magtkamp mellem de osmanniske repræsentanter ogmamlukkerne , som beholdt betydelig indflydelse.Mamelukkerne blev indlemmet i den administrative struktur og havde nøglestillinger i Egyptens 12 sanjaker.Under Sultan Suleiman den Storslåede blev Greater Divan og Lesser Divan etableret for at hjælpe pashaen med repræsentation fra hæren og religiøse myndigheder.Selim etablerede seks regimenter til Egyptens beskyttelse, hvortil Suleiman føjede et syvende.^[98]Den osmanniske administration skiftede ofte den egyptiske guvernør, ofte årligt.En guvernør, Hain Ahmed Pasha, forsøgte at etablere uafhængighed, men blev forpurret og henrettet.^[98] I 1527 blev der foretaget en landundersøgelse i Egypten, der kategoriserede jord i fire typer: sultanens domæne, len, militær vedligeholdelsesjord og religiøse stiftelsesområder.Denne undersøgelse blev gennemført i 1605. ^[98]Det 17. århundrede i Egypten var præget af militære mytterier og konflikter, ofte på grund af forsøg på at dæmme op for afpresning fra troppernes side.I 1609 førte en betydelig konflikt til Kara Mehmed Pashas triumferende indtog i Kairo, efterfulgt af finansielle reformer.^[98] I løbet af denne tid opnåede lokale mamluk-bejer dominans i den egyptiske administration, og de havde ofte militære stillinger og udfordrede osmannisk-udnævnte guvernører.^[99] Den egyptiske hær, med stærke lokale bånd, påvirkede ofte udnævnelsen af ​​guvernører og havde betydelig kontrol over administrationen.^[100]Århundredet oplevede også fremkomsten af ​​to indflydelsesrige fraktioner i Egypten: Faqari, der er knyttet til det osmanniske kavaleri, og Qasimi, der er forbundet med indfødte egyptiske tropper.Disse fraktioner, symboliseret ved deres forskellige farver og symboler, påvirkede i høj grad styreformen og politikken i det osmanniske Egypten.^[101]