Francouzskou výpravu do Egypta , údajně na podporu osmanské brány a potlačenímamlúků , vedl Napoleon Bonaparte.Bonapartovo prohlášení v Alexandrii zdůrazňovalo rovnost, zásluhy a úctu k islámu, což kontrastovalo s údajným nedostatkem těchto vlastností u mamlúků.Slíbil otevřený přístup všem Egypťanům na administrativní místa a navrhl svržení papežské autority, aby demonstroval francouzskou oddanost islámu.^[102]Egypťané však byli k francouzským záměrům skeptičtí.Po francouzském vítězství v bitvě u Embabehu (bitva u pyramid), kde byly síly Murada Beye a Ibrahima Beye poraženy, byla v Káhiře vytvořena obecní rada zahrnující šejky, mamlúky a francouzští členové, která sloužila především k prosazování francouzských dekretů.^[102]Francouzská neporazitelnost byla zpochybňována po porážce jejich flotily v bitvě na Nilu a neúspěchu v Horním Egyptě.Napětí eskalovalo zavedením domovní daně, což vedlo k povstání v Káhiře v říjnu 1798. Francouzský generál Dupuy byl zabit, ale Bonaparte a generál Kléber povstání rychle potlačili.Francouzské použití mešity Al-Azhar jako stáje způsobilo hluboké pohoršení.^[102]Bonapartova syrská expedice v roce 1799 dočasně oslabila francouzskou kontrolu v Egyptě.Po návratu porazil společný útok Murada Beye a Ibrahima Beye a později rozdrtil tureckou armádu u Aboukiru.Bonaparte poté opustil Egypt a svým nástupcem jmenoval Klébera.^[102] Kléber čelil prekérní situaci.Poté, co byly počáteční dohody o francouzské evakuaci zablokovány Brity, zažila Káhira nepokoje, které Kléber potlačil.Vyjednával s Muradem Beyem a udělil mu kontrolu nad Horním Egyptem, ale Kléber byl v červnu 1800 zavražděn ^{[. 102]}Generál Jacques-Francois Menou následoval Klébera, pokoušel se získat přízeň muslimů, ale odcizil Egypťany vyhlášením francouzského protektorátu.V roce 1801 se anglické a turecké síly vylodily u Abu Qir, což vedlo k francouzským porážkám.Generál Belliard se vzdal Káhiry v květnu a Menou kapituloval v Alexandrii v srpnu, čímž skončila francouzská okupace.^[102] Trvalým dědictvím francouzské okupace byl „Description de l'Egypte“, podrobná studie o Egyptě od francouzských učenců, která významně přispěla k oboru egyptologie.^[102]