Na počátku 16. století, po osmanském dobytí Egypta v roce 1517, jmenoval sultán Selim I. Yunus Pasha guvernérem Egypta, ale brzy byl nahrazen Hayır Bey kvůli problémům s korupcí.^[97] Toto období znamenalo mocenský boj mezi osmanskými představiteli amamlúky , kteří si udrželi významný vliv.Mamlukové byli začleněni do správní struktury, zastávali klíčové pozice ve 12 egyptských sandžacích.Za sultána Suleimana Nádherného byly založeny Greater Divan a Lesser Divan, aby pomáhaly pašovi, se zastoupením armády a náboženských autorit.Selim založil šest pluků na ochranu Egypta, ke kterým Sulejman přidal sedmý.^[98]Osmanská administrativa často měnila egyptského guvernéra, často ročně.Jeden guvernér, Hain Ahmed Pasha, se pokusil nastolit nezávislost, ale byl zmařen a popraven.^[98] V roce 1527 byl v Egyptě proveden průzkum půdy, který rozdělil půdu do čtyř typů: sultánovo panství, léna, vojenská udržovací půda a půda náboženských nadací.Tento průzkum byl realizován v roce 1605. ^[98]17. století v Egyptě bylo charakterizováno vojenskými vzpourami a konflikty, často kvůli pokusům omezit vydírání vojsky.V roce 1609 vedl významný konflikt k triumfálnímu vstupu Kara Mehmeda Paši do Káhiry, po kterém následovaly finanční reformy.^[98] Během této doby získali místní mamlúckí bejové převahu v egyptské správě, často zastávali vojenské pozice a vyzývali guvernéry jmenované Osmany.^[99] Egyptská armáda se silnými místními vazbami často ovlivňovala jmenování guvernérů a měla podstatnou kontrolu nad správou.^[100]Století také vidělo vzestup dvou vlivných frakcí v Egyptě: Faqari, spojených s osmanskou kavalérií, a Qasimi, spojených s původními egyptskými vojsky.Tyto frakce, symbolizované svými odlišnými barvami a symboly, významně ovlivnily vládnutí a politiku osmanského Egypta.^[101]