İranda qurulan Xarəzmlər sülaləsi yalnız Çingiz xanın monqol istilasına qədər davam etdi.1218-ci ilə qədər sürətlə genişlənən Monqol İmperiyası Xvarəzm ərazisi ilə həmsərhəd oldu.Xvarəzm hökmdarı Ala əd-Din Məhəmməd öz səltənətini İranın əksər ərazilərində genişləndirmiş və Abbasi xəlifəsi Əl-Nasirdən tanınmaq istəyərək özünü şah elan etmişdi.Monqolların İrana hücumu 1219-cu ildə onun Xorəzmdəki diplomatik nümayəndəlikləri qətlə yetirildikdən sonra başladı.İşğal amansız və hərtərəfli idi;Buxara, Səmərqənd, Herat, Tus və Nişapur kimi böyük şəhərlər dağıdıldı, əhalisi qırıldı.Ala ad-Din Məhəmməd qaçdı və sonda Xəzər dənizindəki bir adada öldü.Bu işğal zamanı monqollar qabaqcıl hərbi texnikalardan, o cümlədən Çin katapult bölmələrindən və bəlkə də barıt bombalarından istifadə etdilər.Barıt texnologiyasında mahir Çin əsgərləri Monqol ordusunun bir hissəsi idi.Monqol istilasının Çin barıt silahlarını, o cümlədən huochong (minomyot) Orta Asiyaya gətirdiyi güman edilir.Sonrakı yerli ədəbiyyatdaÇində istifadə edilənlərə bənzər barıt silahları təsvir edilmişdir.1227-ci ildə Çingiz xanın ölümü ilə nəticələnən monqol istilası İran üçün dağıdıcı oldu.Qərbi Azərbaycanın şəhərlərinin talan edilməsi də daxil olmaqla, əhəmiyyətli dağıntılarla nəticələndi.Monqollar sonradan İslamı qəbul edib İran mədəniyyətinə assimilyasiya olunmalarına baxmayaraq, bərpası mümkün olmayan ziyanlar vurdular.Onlar əsrlər boyu İslam elmini, mədəniyyətini və infrastrukturunu məhv etdilər, şəhərləri yerlə-yeksan etdilər, kitabxanaları yandırdılar və bəzi ərazilərdə məscidləri Buddist məbədləri ilə əvəz etdilər.^[38]İşğal həmçinin İranın mülki həyatına və ölkənin infrastrukturuna da fəlakətli təsir göstərib.Qanat suvarma sistemlərinin, xüsusən də İranın şimal-şərqində dağıdılması yaşayış məntəqələrinin quruluşunu pozdu və bir vaxtlar çiçəklənən kənd təsərrüfatı şəhərlərinin çoxunun tərk edilməsinə səbəb oldu.^[39]Çingiz xanın ölümündən sonra İran müxtəlif monqol sərkərdələri tərəfindən idarə olundu.Çingizin nəvəsi Hülaku xan monqol gücünün qərbə doğru daha da genişlənməsinə cavabdeh idi.Lakin onun dövründə Monqol İmperiyası müxtəlif fraksiyalara parçalanmışdı.Hülaku səksən il hökmranlıq edən və getdikcə farslaşan Monqol İmperiyasının parçalanmış dövləti olan İranda İlxanlığı qurdu.1258-ci ildə Hülaku Bağdadı ələ keçirdi və sonuncu Abbasi xəlifəsini edam etdi.Onun genişlənməsi 1260-cı ildə Fələstindəki Ayn Calut döyüşündə Məmlüklər tərəfindən dayandırıldı.Bundan əlavə, Hülaqunun müsəlmanlara qarşı yürüşləri monqol birliyinin parçalandığını vurğulayan Qızıl Ordanın müsəlman xanı Berke ilə münaqişəyə səbəb oldu.Hülaqunun nəvəsi Qazanın (hökmdarlığı 1295–1304) dövründə İslam dini İlxanlığın dövlət dini kimi təsbit edildi.Qazan öz iranlı vəziri Rəşidəddinlə birlikdə İranda iqtisadi dirçəlişin təşəbbüskarı oldu.Onlar sənətkarlar üçün vergiləri azaltdılar, kənd təsərrüfatını inkişaf etdirdilər, suvarma işlərini bərpa etdilər və ticarət yolunun təhlükəsizliyini gücləndirdilər, bu da ticarətin artmasına səbəb oldu.Bu inkişaflar İran mədəniyyətini zənginləşdirərək Asiyada mədəni mübadilələri asanlaşdırdı.Diqqətçəkən nəticə Mesopotamiya və Çin bədii elementlərini birləşdirən yeni İran rəssamlıq üslubunun yaranması oldu.Lakin 1335-ci ildə Qazanın qardaşı oğlu Əbu Səidin ölümündən sonra İlxanlılar vətəndaş müharibəsinə düşdü və Cəlayirilər, Müzəffərlər, Sərbədarlar və Kartidlər də daxil olmaqla bir neçə kiçik sülalələrə parçalandı.14-cü əsr də İran əhalisinin təxminən 30%-ni öldürən Qara Ölümün dağıdıcı təsirinin şahidi oldu.^[40]