Năm 1988, nền dân chủ được tái lập ở Pakistan với cuộc tổng tuyển cử sau cái chết của Tổng thống Zia-ul-Haq.Các cuộc bầu cử này đã dẫn đến việc Đảng Nhân dân Pakistan (PPP) trở lại nắm quyền, với việc Benazir Bhutto trở thành nữ Thủ tướng đầu tiên của Pakistan và là nữ lãnh đạo chính phủ đầu tiên ở một quốc gia có đa số người theo đạo Hồi.Thời kỳ này, kéo dài cho đến năm 1999, được đặc trưng bởi một hệ thống hai đảng cạnh tranh, với phe bảo thủ trung hữu do Nawaz Sharif lãnh đạo và phe xã hội trung tả dưới thời Benazir Bhutto.Trong nhiệm kỳ của mình, Bhutto đã lèo lái Pakistan vượt qua giai đoạn cuối của Chiến tranh Lạnh , duy trì các chính sách thân phương Tây do có chung sự mất lòng tin vào chủ nghĩa cộng sản.Chính phủ của bà đã chứng kiến ​​việc Liên Xô rút quân khỏi Afghanistan .Tuy nhiên, việc phát hiện dự án bom nguyên tử của Pakistan đã dẫn tới quan hệ căng thẳng với Hoa Kỳ và việc áp đặt các biện pháp trừng phạt kinh tế.Chính phủ của Bhutto cũng phải đối mặt với những thách thức ở Afghanistan, với việc can thiệp quân sự thất bại dẫn đến việc sa thải các giám đốc cơ quan tình báo.Bất chấp những nỗ lực phục hồi nền kinh tế, bao gồm Kế hoạch 5 năm lần thứ bảy, Pakistan vẫn trải qua tình trạng lạm phát đình trệ, và chính phủ của Bhutto cuối cùng đã bị Tổng thống bảo thủ Ghulam Ishaq Khan bãi nhiệm.