Năm 1958, hệ thống nghị viện của Pakistan kết thúc với việc áp dụng thiết quân luật.Sự vỡ mộng của công chúng trước tình trạng tham nhũng trong bộ máy quan liêu và hành chính dân sự đã dẫn đến sự ủng hộ cho các hành động của Tướng Ayub Khan.^[16] Chính phủ quân sự đã tiến hành những cải cách ruộng đất đáng kể và thi hành Lệnh loại bỏ các cơ quan bầu cử, cấm HS Suhrawardy tham gia công vụ.Khan đưa ra "Dân chủ Cơ bản", một hệ thống tổng thống mới trong đó cử tri đoàn gồm 80.000 cử tri bầu ra tổng thống và ban hành hiến pháp năm 1962.^[17] Năm 1960, Ayub Khan giành được sự ủng hộ rộng rãi trong một cuộc trưng cầu dân ý toàn quốc, chuyển từ quân đội sang chính phủ dân sự lập hiến.^[16]Những bước phát triển quan trọng trong nhiệm kỳ tổng thống của Ayub Khan bao gồm việc di dời cơ sở hạ tầng của thủ đô từ Karachi đến Islamabad.Thời đại này, được gọi là "Thập kỷ vĩ đại", được tôn vinh vì sự phát triển kinh tế và những thay đổi về văn hóa, ^[18] bao gồm sự nổi lên của ngành công nghiệp nhạc pop, điện ảnh và kịch.Ayub Khan liên kết Pakistan với Hoa Kỳ và thế giới phương Tây, gia nhập Tổ chức Hiệp ước Trung tâm (CENTO) và Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á (SEATO).Khu vực tư nhân phát triển và đất nước đã đạt được những bước tiến trong giáo dục, phát triển con người và khoa học, bao gồm cả việc khởi động chương trình không gian và tiếp tục chương trình điện hạt nhân.^[18]Tuy nhiên, sự cố máy bay do thám U2 năm 1960 đã vạch trần các hoạt động bí mật của Mỹ từ Pakistan, gây tổn hại đến an ninh quốc gia.Cùng năm đó, Pakistan ký Hiệp ước Nước Indus với Ấn Độ để bình thường hóa quan hệ.^[19] Mối quan hệ với Trung Quốc được củng cố, đặc biệt là sau Chiến tranh Trung-Ấn, dẫn đến thỏa thuận biên giới vào năm 1963 làm thay đổi động lực của Chiến tranh Lạnh .Năm 1964, Lực lượng vũ trang Pakistan đã đàn áp một cuộc nổi dậy bị nghi ngờ thân cộng sản ở Tây Pakistan, và vào năm 1965, Ayub Khan đã suýt giành chiến thắng trong cuộc bầu cử tổng thống gây tranh cãi trước Fatima Jinnah.