Cuộc thám hiểm của Pháp tới Ai Cập , bề ngoài là để hỗ trợ Ottoman Porte và trấn áp ngườiMamluk , do Napoléon Bonaparte chỉ huy.Tuyên bố của Bonaparte tại Alexandria nhấn mạnh sự bình đẳng, công đức và sự tôn trọng đối với Hồi giáo, trái ngược với việc người Mamluk được cho là thiếu những phẩm chất này.Ông hứa sẽ mở rộng quyền tiếp cận các chức vụ hành chính cho tất cả người Ai Cập và đề nghị lật đổ quyền lực của giáo hoàng để chứng minh sự tuân thủ của người Pháp đối với đạo Hồi.^[102]Tuy nhiên, người Ai Cập tỏ ra nghi ngờ về ý định của Pháp.Sau chiến thắng của Pháp trong Trận Embabeh (Trận chiến Kim tự tháp), nơi lực lượng của Murad Bey và Ibrahim Bey bị đánh bại, một hội đồng thành phố được thành lập ở Cairo bao gồm các sheiks, Mamluks và các thành viên người Pháp, chủ yếu phục vụ để thực thi các sắc lệnh của Pháp.^[102]Khả năng bất khả chiến bại của Pháp bị nghi ngờ sau thất bại của hạm đội của họ trong Trận sông Nile và thất bại ở Thượng Ai Cập.Căng thẳng leo thang với việc áp dụng thuế nhà, dẫn đến cuộc nổi dậy ở Cairo vào tháng 10 năm 1798. Tướng Dupuy của Pháp bị giết, nhưng Bonaparte và Tướng Kléber nhanh chóng đàn áp cuộc nổi dậy.Việc người Pháp sử dụng Nhà thờ Hồi giáo Al-Azhar làm chuồng ngựa đã gây ra sự xúc phạm sâu sắc.^[102]Cuộc thám hiểm Syria của Bonaparte năm 1799 đã tạm thời làm suy yếu quyền kiểm soát của Pháp ở Ai Cập.Khi trở về, anh đã đánh bại một cuộc tấn công chung của Murad Bey và Ibrahim Bey, và sau đó đè bẹp quân đội Thổ Nhĩ Kỳ tại Aboukir.Bonaparte sau đó rời Ai Cập, bổ nhiệm Kléber làm người kế vị.^[102] Kléber phải đối mặt với một tình thế bấp bênh.Sau khi các thỏa thuận sơ tán ban đầu của người Pháp bị người Anh ngăn chặn, Cairo đã xảy ra bạo loạn và Kléber đã đàn áp được.Ông thương lượng với Murad Bey, trao cho ông quyền kiểm soát Thượng Ai Cập, nhưng Kléber bị ám sát vào tháng 6 năm 1800. ^[102]Tướng Jacques-Francois Menou kế vị Kléber, cố gắng giành được sự ủng hộ của người Hồi giáo nhưng lại khiến người Ai Cập xa lánh bằng cách tuyên bố Pháp bảo hộ.Năm 1801, quân Anh và Thổ Nhĩ Kỳ đổ bộ vào Abu Qir, dẫn đến thất bại của quân Pháp.Tướng Belliard đầu hàng Cairo vào tháng 5, và Menou đầu hàng ở Alexandria vào tháng 8, chấm dứt sự chiếm đóng của Pháp.^[102] Di sản lâu dài dưới thời Pháp chiếm đóng là "Description de l'Egypte", một nghiên cứu chi tiết về Ai Cập của các học giả Pháp, đóng góp đáng kể cho lĩnh vực Ai Cập học.^[102]