Vào đầu thế kỷ 16, sau cuộc chinh phục Ai Cập của Ottoman năm 1517, Sultan Selim I đã bổ nhiệm Yunus Pasha làm thống đốc Ai Cập, nhưng ông sớm bị Hayır Bey thay thế do vấn đề tham nhũng.^[97] Thời kỳ này đánh dấu một cuộc tranh giành quyền lực giữa các đại diện của Ottoman vàngười Mamluk , những người vẫn giữ được ảnh hưởng đáng kể.Người Mamluk được sáp nhập vào cơ cấu hành chính, nắm giữ các vị trí chủ chốt trong 12 sanjak của Ai Cập.Dưới thời Sultan Suleiman the Magnificent, Greater Divan và Lesser Divan được thành lập để hỗ trợ pasha, với sự đại diện của quân đội và các cơ quan tôn giáo.Selim thành lập sáu trung đoàn để bảo vệ Ai Cập, Suleiman bổ sung thêm trung đoàn thứ bảy.^[98]Chính quyền Ottoman thường xuyên thay đổi thống đốc Ai Cập, thường là hàng năm.Một thống đốc, Hain Ahmed Pasha, đã cố gắng thiết lập nền độc lập nhưng bị cản trở và bị xử tử.^[98] Năm 1527, một cuộc khảo sát đất đai được tiến hành ở Ai Cập, phân loại đất thành bốn loại: lãnh địa của quốc vương, thái ấp, đất bảo trì quân sự và đất nền tảng tôn giáo.Cuộc khảo sát này được thực hiện vào năm 1605. ^[98]Thế kỷ 17 ở Ai Cập được đặc trưng bởi các cuộc binh biến và xung đột quân sự, thường là do những nỗ lực nhằm hạn chế hành vi tống tiền của quân đội.Năm 1609, một cuộc xung đột nghiêm trọng đã dẫn đến việc Kara Mehmed Pasha đắc thắng tiến vào Cairo, sau đó là các cuộc cải cách tài chính.^[98] Trong thời gian này, các Mamluk địa phương đã giành được quyền thống trị trong chính quyền Ai Cập, thường nắm giữ các vị trí quân sự và thách thức các thống đốc do Ottoman bổ nhiệm.^[99] Quân đội Ai Cập, với mối quan hệ chặt chẽ với địa phương, thường xuyên gây ảnh hưởng đến việc bổ nhiệm các thống đốc và có quyền kiểm soát đáng kể đối với chính quyền.^[100]Thế kỷ này cũng chứng kiến ​​sự trỗi dậy của hai phe phái có ảnh hưởng ở Ai Cập: Faqari, liên kết với kỵ binh Ottoman và Qasimi, liên kết với quân đội bản địa Ai Cập.Những phe phái này, được biểu tượng bằng màu sắc và biểu tượng riêng biệt, đã ảnh hưởng đáng kể đến việc cai trị và chính trị của Ottoman Ai Cập.^[101]