1999 میں، پاکستان نے جنرل پرویز مشرف اور جوائنٹ اسٹاف ہیڈکوارٹر میں فوجی عملے کی قیادت میں ایک خونخوار فوجی بغاوت کا تجربہ کیا۔12 اکتوبر کو، انہوں نے وزیراعظم نواز شریف کی سویلین حکومت سے کنٹرول چھین لیا۔دو دن بعد، مشرف نے بطور چیف ایگزیکٹو، متنازعہ طور پر پاکستان کے آئین کو معطل کر دیا۔یہ بغاوت شریف انتظامیہ اور فوج کے درمیان خاص طور پر جنرل مشرف کے درمیان بڑھتے ہوئے تناؤ کی وجہ سے ہوئی۔مشرف کی جگہ لیفٹیننٹ جنرل ضیاء الدین بٹ کو آرمی چیف بنانے کی شریف کی کوشش کو اعلیٰ فوجی حکام کی طرف سے مزاحمت کا سامنا کرنا پڑا اور بٹ کو حراست میں لے لیا گیا۔بغاوت کا عمل تیز رفتار تھا۔17 گھنٹوں کے اندر، فوجی کمانڈروں نے اہم سرکاری اداروں پر قبضہ کر لیا، شریف اور ان کی انتظامیہ کو، بشمول ان کے بھائی کو نظر بند کر دیا۔فوج نے اہم مواصلاتی ڈھانچے کا بھی کنٹرول سنبھال لیا۔چیف جسٹس ارشاد حسن خان کی سربراہی میں پاکستان کی سپریم کورٹ نے مارشل لاء کو "نظریہ ضرورت" کے تحت توثیق کیا لیکن اس کی مدت کو تین سال تک محدود کر دیا۔شریف پر مشرف کو لے جانے والے طیارے میں جانوں کو خطرے میں ڈالنے کے الزام میں مقدمہ چلایا گیا اور سزا سنائی گئی، اس فیصلے نے تنازعہ کو جنم دیا۔دسمبر 2000 میں، مشرف نے غیر متوقع طور پر شریف کو معاف کر دیا، جو پھر سعودی عرب چلے گئے۔2001 میں صدر رفیق تارڑ کو مستعفی ہونے پر مجبور کرنے کے بعد مشرف صدر بن گئے۔اپریل 2002 میں ایک قومی ریفرنڈم، جس پر بہت سے لوگوں نے دھوکہ دہی کے طور پر تنقید کی، مشرف کے اقتدار میں توسیع کی۔2002 کے عام انتخابات میں جمہوریت کی واپسی ہوئی، مشرف کی مسلم لیگ (ق) نے اقلیتی حکومت بنائی۔