قبضے کے دوران نسلی کشیدگی پیدا ہوئی اور قوم پرستی پروان چڑھی۔^[82] برطانیہ دیوالیہ ہو چکا تھا اور لیبر کی نئی حکومت مشرق سے اپنی افواج واپس بلانے کی خواہشمند تھی۔لیکن زیادہ تر ملائیشیا برطانیہ سے آزادی کا مطالبہ کرنے کے بجائے MCP کے خلاف اپنا دفاع کرنے میں زیادہ فکر مند تھے۔1944 میں، انگریزوں نے ملائی یونین کے لیے منصوبہ تیار کیا، جو وفاق اور غیر فیڈریٹڈ ملائی ریاستوں کے علاوہ پینانگ اور ملاکا (لیکن سنگاپور کو نہیں) کو ایک واحد ولی عہد کالونی میں بدل دے گا، جس کا مقصد آزادی کی طرف ہے۔اس اقدام کو، جس کا مقصد بالآخر آزادی کی طرف تھا، کو ملائیشیا کی طرف سے نمایاں مزاحمت کا سامنا کرنا پڑا، بنیادی طور پر چینی اور دیگر اقلیتوں کے لیے مساوی شہریت کی تجویز کی وجہ سے۔انگریز ان گروہوں کو جنگ کے دوران ملائیشیا سے زیادہ وفادار سمجھتے تھے۔اس مخالفت کے نتیجے میں 1948 میں ملائی یونین کی تحلیل ہوئی، جس نے فیڈریشن آف ملایا کو راستہ دیا، جس نے برطانوی تحفظ میں ملائی ریاست کے حکمرانوں کی خود مختاری کو برقرار رکھا۔ان سیاسی تبدیلیوں کے متوازی، کمیونسٹ پارٹی آف ملایا (MCP)، جسے بنیادی طور پر نسلی چینیوں کی حمایت حاصل تھی، زور پکڑ رہی تھی۔ایم سی پی، ابتدائی طور پر ایک قانونی پارٹی، انگریزوں کو ملایا سے نکالنے کی خواہش کے ساتھ گوریلا جنگ کی طرف بڑھ گئی تھی۔جولائی 1948 تک، برطانوی حکومت نے ہنگامی حالت کا اعلان کیا، جس سے MCP جنگل میں پیچھے ہٹ گیا اور ملائین پیپلز لبریشن آرمی تشکیل دی۔اس تنازعہ کی بنیادی وجوہات آئینی تبدیلیوں سے لے کر نسلی چینیوں کو پسماندہ کرنے سے لے کر پودے لگانے کی ترقی کے لیے کسانوں کی نقل مکانی تک تھیں۔تاہم، MCP نے عالمی کمیونسٹ طاقتوں سے کم سے کم حمایت حاصل کی۔1948 سے 1960 تک جاری رہنے والی ملیائی ایمرجنسی میں برطانویوں نے انسداد بغاوت کی جدید حکمت عملیوں کو استعمال کرتے ہوئے دیکھا، جس کا ماسٹر مائنڈ لیفٹیننٹ جنرل سر جیرالڈ ٹیمپلر نے MCP کے خلاف کیا۔جب کہ اس تنازعے نے مظالم کا اپنا حصہ دیکھا، جیسے کہ بٹانگ کالی قتل عام، ایم سی پی کو اس کے سپورٹ بیس سے الگ تھلگ کرنے کی برطانوی حکمت عملی، اقتصادی اور سیاسی مراعات کے ساتھ، باغیوں کو بتدریج کمزور کرتی گئی۔1950 کی دہائی کے وسط تک، لہر MCP کے خلاف ہو گئی تھی، جس نے 31 اگست 1957 کو کامن ویلتھ کے اندر فیڈریشن کی آزادی کی منزلیں طے کیں، ٹنکو عبدالرحمن اس کے افتتاحی وزیر اعظم تھے۔